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1 | # | Day | Date | Topic | Quizzes/Due Dates | 2014 Lecture Slides | Comment #2 | |||||||||||||
2 | Data Mining (1st Half) | |||||||||||||||||||
3 | 1 | M | Jan-12 | MG | INTRODUCTION | http://archive.gersteinlab.org/mark/out/log/2014/01.13/talk/ | ||||||||||||||
4 | 2 | W | Jan-14 | MDS | Genomics I | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Noonan_CBB_752b_Genomics_I_2014.pptx | |||||||||||||
5 | 3 | F | Jan-16 | MDS | Genomics II | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Noonan_CBB_752b_Genomics_II_2014.pptx | |||||||||||||
6 | M | Jan-19 | -- | (no class, MLK) | ||||||||||||||||
7 | 4 | W | Jan-21 | JR | Proteomics I | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Proteins_I&II_Rinehart_spring2014.pdf | |||||||||||||
8 | 5 | M | Jan-26 | JR | Proteomics II | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Structure_Rinehart_spring2014.pdf | |||||||||||||
9 | W | Jan-28 | MG | Snow day | http://archive.gersteinlab.org/mark/out/log/2014/01.27/course/ | |||||||||||||||
10 | 6 | M | Feb-2 | MG | ALIGNMENT (seq. comparison & multiple-seq. alignment) | ALIGNMENT: has slides with cbb752rd0mg, felt clustal could have been presented better | http://archive.gersteinlab.org/mark/out/log/2014/02.02/class/ | Ordering of PCA/SVM methodology conclusion is a little off. | ||||||||||||
11 | 7 | W | Feb-4 | TAs | Quiz only - no lecture | QUIZ 1 | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/supervised_machine_learning | A an easy to understand writeup on SVM + movie is at http://bytesizebio.net/2014/02/05/support-vector-machines-explained-well/ | ||||||||||||
12 | 8 | M | Feb-9 | KC | Application of Semantic Web to Biology | KC confirmed | ||||||||||||||
13 | 9 | W | Feb-11 | MG | UNSUPERVISED MINING (focusing on spectral methods such as SVD) | UNSUPERVISED: has slides with cbb752rd0mg, should have intro to matrix mult + pca slide - given pca cut | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/NGS_analysis_Michael | |||||||||||||
14 | M | Feb-16 | MG | No class | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Rare_variants_Cong | |||||||||||||||
15 | 11 | W | Feb-18 | MG | SUPERVISED MINING (focusing on Trees & SVMs) | UNSUPERVISED: cleaning off '15 unsupervised slides of handwritting (slides 27-32, which cover SVD), WGCNA could be condensed | http://archive.gersteinlab.org/mark/out/log/2014/02.22/class/ | Last year's slides: http://archive.gersteinlab.org/mark/out/log/2012/10.02/class/new-networks-slide-pack-updated-on-13oct/cbb752-mg-fall12-networks.ppt | ||||||||||||
16 | 12 | M | Feb-23 | MG | Mining #3 - Processing Next-Gen sequencing data (w/ MRS) | SUPERVISED: trees could be condensed, scaling could fit in better, fischer could be redrawn, check accuracy of soft margin, kernels disc at end could be consolidated | http://archive.gersteinlab.org/mark/out/log/2014/02.23/class | |||||||||||||
17 | 13 | W | Feb-25 | MG | Mining #4 - Practical Tips in Building Models (Inside-out "MOOC class") | TOPOLOGY: beginning could be consolidated | ||||||||||||||
18 | 14 | M | Mar-2 | MG | Analysis of NETWORK TOPOLOGY | Homework 1 Due | http://archive.gersteinlab.org/mark/out/log/2012/10.02/class/cbb752-fall12--how-to-avoid-plagiarism_v9.pdf | Finished network prediction pack, did poll & project & then went through plagarism pack quickly | ||||||||||||
19 | 15 | W | Mar-4 | MG | Practical Network & NGS Analysis (Cancer Genomics Application w/ YF) | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Semantic_Web_Cheung | ||||||||||||||
20 | 16 | TBD | MG | NETWORK PREDICTION | QUIZ 2 | |||||||||||||||
21 | M | Mar-9 | -- | (no class) | ||||||||||||||||
22 | W | Mar-13 | -- | (no class) | ||||||||||||||||
23 | M | Mar-16 | -- | (no class) | ||||||||||||||||
24 | W | Mar-18 | -- | (no class) | ||||||||||||||||
25 | Simulation (2nd Half) | |||||||||||||||||||
26 | 18 | M | Mar-23 | SK | Cell/Immune Simulation I | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Kleinstein.CBB752.S2014.Lecture_1.pdf | |||||||||||||
27 | 19 | W | Mar-25 | SK | Cell/Immune Simulation II | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Kleinstein.CBB752.S2014.Lecture_2.pdf | |||||||||||||
28 | 20 | M | Mar-30 | SK | Cell/Immune Simulation III | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/Kleinstein.CBB752.S2014.Lecture_3.pdf | |||||||||||||
29 | 21 | W | Apr-1 | CO | Protein Simulation I | YES | QUIZ 3 | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/protein_folding_1 | ||||||||||||
30 | 22 | M | Apr-6 | CO | Protein Simulation II | YES | Homework 2 Due | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/protein_folding_2_2014.ppt | ||||||||||||
31 | 23 | W | Apr-8 | CO | Protein Simulation III | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/protein_folding_3_2014.ppt | |||||||||||||
32 | 24 | M | Apr-13 | CO | Markov Models I | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/markov_models_ohern_1.ppt | |||||||||||||
33 | 25 | W | Apr-15 | CO | Markov Models II | YES | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/markov_models_ohern_2.ppt | |||||||||||||
34 | 26 | M | Apr-20 | CO | Markov Models III | YES | Homework 3 Due | http://archive.gersteinlab.org/proj/cbb752b14/markov_models_ohern_3.ppt | ||||||||||||
35 | 27 | W | Apr-22 | CO | Protein Aggregation | YES | QUIZ 4 | |||||||||||||
36 | F | Apr-26 | FINAL PROJECT DUE | Make 24-apr?? | ||||||||||||||||
37 | F | May-8 | NO FINAL EXAM | |||||||||||||||||
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42 | W | Apr-1 | CO | |||||||||||||||||
43 | M | Apr-6 | CO | |||||||||||||||||
44 | W | Apr-8 | CO | |||||||||||||||||
45 | M | Apr-13 | CO | |||||||||||||||||
46 | W | Apr-15 | CO | |||||||||||||||||
47 | M | Apr-20 | CO | |||||||||||||||||
48 | W | Apr-22 | CO | |||||||||||||||||
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