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1 | Tris pH 8.8 (150 mL) | g | MW | moles | M | 2012_12_20: make 100 mL of 4x protein buffer using Amanda's Recipe | Compare to BioRad Cat #161-0737 | 250 | 50 | ||||||||||||||
2 | Tris | 27.23 | 121.14 | 0.2247812448 | 1.498541632 | Item | Amt | Amt to USE 12/21/2012 | |||||||||||||||
3 | glycerol (mL) | 50 | <-- make it 10X glycerol when 1x to match BioRad --> | 40 | |||||||||||||||||||
4 | SDS (g) | 10 | commercial 4X has 1% LDS(?), so stick with Amanda's | 10 | |||||||||||||||||||
5 | 1M Tris-HCl pH 6.8 | 31.25 | <-- commercial 4X buffer is 250mM so use 50 mL of 0.5M --> | 50 | |||||||||||||||||||
6 | bromophenol blue slurry (5mg/mL in water; vortex before using) uL | 1000 | <-- use 5 mg instead of making a solution first. Amanda's was dark enough. The commercial recipe lists 0.005% Bromophenol Blue | 5 | mg | ||||||||||||||||||
7 | 0.125 | H2O | NOTE: I added more bromphenol blue. About double would have been ideal. | ||||||||||||||||||||
8 | |||||||||||||||||||||||
9 | total volume (mL) | 92.25 | |||||||||||||||||||||
10 | |||||||||||||||||||||||
11 | Fill to 100 mL | ||||||||||||||||||||||
12 | |||||||||||||||||||||||
13 | |||||||||||||||||||||||
14 | |||||||||||||||||||||||
15 | Can we do BCA? | 1x form: | |||||||||||||||||||||
16 | % difference: | ||||||||||||||||||||||
17 | LOADING BUFFER | Amanda (4x) | Amanda: scaled to 9.5 mL | BioRad commercial buffer (2x): | BioRad 4X Laemmli Sample Buffer (Cat # 161-0747) | official BioRad (~ 3x) | Biorad: conc scaled to 4x: | 100*(Amanda-BioRad)/BioRad | LOADING BUFFER | official BioRad (~ 3x) | BCA assa limits: http://www.piercenet.com/instructions/2161296.pdf | ||||||||||||
18 | glycerol (mL) | 4 | 4.75 | 200 mM Tris-HCl, pH 6.8, 2% SDS, 40% glycerol, 0.04% Coomassie | 1 | 2.5 | 3.33 | 43 | glycerol | glycerol (mL) | 2.5 | 0.83 | 8.77 | % glycerol | 10% | ||||||||
19 | SDS (g) | 0.8 | 0.95 | = 8 mL of 10% SDS solution | (catalog #161-0739) Brilliant Blue G-250, 2% ß-mercaptoethanol or 350 mM DTT (added fresh) | 0.1 | 10% SDS solution: | 2 | 2.67 | 0.27 | g SDS | 256 | SDS | SDS (g) | 2 | 0.67 | 7.02 | % SDS. Note: this is ABOVE THE 5% LIMIT for BCA: http://www.piercenet.com/instructions/2161296.pdf | 5% | ||||
20 | 1M Tris-HCl pH 6.8 | 2.5 | 2.96875 | 0.5 M Tris-HCl, pH 6.8 3.75 ml | 1.25 | 1.67 | 78 | Tris-HCl pH 6.8 | 1M Tris-HCl pH 6.8 | 1.25 | 0.42 | 0.42 | M Tris-HCl, pH 6.8 | 250 mM. Note: they don't say pH adjusted but this is a reasonable pH. | |||||||||
21 | bromophenol blue slurry (5mg/mL in water; vortex before using) uL | 80 | 95 | 50% Glycerol 15.0 ml | 200 | 266.67 | -64 | 5 mg/mL dye solution | bromophenol blue slurry (5mg/mL in water; vortex before using) uL | 200 | 66.67 | ||||||||||||
22 | H2O | 1.0% Bromophenol blue 0.3 ml | 3.55 | 1.57 | H2O | 3.55 | 1.18 | ||||||||||||||||
23 | 10% SDS 6.0 ml | ||||||||||||||||||||||
24 | total volume (mL) | 8 | 9.5 | diH2O to 30 ml | 10 | 9.5 | 9.5 | 9.5 | |||||||||||||||
25 | Add b-mercap | ||||||||||||||||||||||
26 | |||||||||||||||||||||||
27 | STAINING | ||||||||||||||||||||||
28 | Amanda | Amanda | Online Recipe 1: | Online 2 | Janet's prep 10/22/2012 | ||||||||||||||||||
29 | MeOH | 80 | 200 | 400 | 450 | 300 | |||||||||||||||||
30 | water | 280 | 700 | 500 | 450 | 600 | |||||||||||||||||
31 | acetic acid | 40 | 100 | 100 | 100 | 100 | 100% weight/volume | 1 | g/mL | 1000 | mg/mL | ||||||||||||
32 | dye (g) | 0.4 | 1 | 1 | 0.5 | <-- 0.05% w/(total volume) | 1 | used R form of dye from Sigma | 1% weight/volume | 0.01 | g/mL | 10 | mg/mL | ||||||||||
33 | TOTAL | 400 | 1,000 | 1,000 | 1,000 | 1,000 | 0.5% weight/volume | 0.005 | g/mL | 5 | mg/mL | ||||||||||||
34 | 0.05% weight/volume | 0.0005 | g/mL | 0.5 | mg/mL | OR | 0.5 | g/L | |||||||||||||||
35 | http://www.cytographica.com/lab/solutions/Coomassie.htm | http://www.case.edu/med/coller/Coller%20Protocol%20Book.pdf | |||||||||||||||||||||
36 | |||||||||||||||||||||||
37 | AMANDA | ||||||||||||||||||||||
38 | DESTAINING: | ||||||||||||||||||||||
39 | acetic acid | 100 | 50 | ||||||||||||||||||||
40 | methanol | 200 | 0 | ||||||||||||||||||||
41 | ethanol | 0 | 50 | ||||||||||||||||||||
42 | water | 700 | 900 | 10% acetic acid, and destained with a 5% ethanol/5% acetic acid solution. | |||||||||||||||||||
43 | TOTAL | 1000 | |||||||||||||||||||||
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46 | For 10 L | ||||||||||||||||||||||
47 | Electrode Buffer | g | MW | moles | M | ||||||||||||||||||
48 | Tris | 30 | 121.14 | 0.2476473502 | 0.02476473502 | ||||||||||||||||||
49 | Glycine | 144 | 75.0666 | 1.918296553 | 0.1918296553 | ||||||||||||||||||
50 | SDS (optional: I didn't add 10/2012) | 10 | |||||||||||||||||||||
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