1 of 16

Modul 10

​

Hvordan tager vi eDNA prøver fra en sø?�

​

2 of 16

Formål

​

I skal lære om:

  • hvordan man kan tage eDNA prøver fra en sø
  • hvordan eDNA prøver skal opbevares

​

I får en introduktion til næste øvelse - Ekstraktion af eDNA fra filter

3 of 16

Modulets program

​

  • Sæt jer i øvelsesgrupperne fra sidste modul
  • Introduktion til metoden eDNA-prøve fra en sø (10 min)
  • Arbejde praktisk med eDNA (40 min)
  • Introduktion til ekstraktion af eDNA (30 min.)
    • materialer
    • principperne bag metoden
  • Orienter jer i øvelsesvejledningen

​

4 of 16

Introduktion til dagens aktivitet

Der suges 50 mL vand op i den store sprøjte.

​

Skru sprøjten fast på filterenhedens ene ende.

Vær omhyggelig med at skrue den helt fast.

​

Sprøjt de opsamlede 50 mL vand gennem filteret.

Vandet skal ikke gemmes.

I kan sprøjte vandet direkte tilbage til søen.

Gentag 20 gange….

​

Hvis det bliver meget hårdt at trykke

stemplet ned kan du nøjes med færre

gentagelser for ikke at ødelægge filteret.

5 of 16

Fortsat - Opbevaring af filter

Gør filter klar til opbevaring

  • Efter endt vandfiltrering fyldes 50 mL sprøjten med luft. Skru den tomme, luftfyldte sprøjte på igen, og tryk luft gennem filteret, så det sidste vand bliver presset ud og filteret tørrer. Se foto 4.
  • Fyld den lille 3 ml sprøjte med 96% ethanol. Placer en finger på filterenhedens ene side og sprøjt ethanolen ind i filterenheden til filteret er dækket. Ethanolen skal blive i filteret. Se foto 5. Har man propper, bruges disse til at lukke filternehedens to ender ellers er det helt fint.
  • Kassér ethanolrøret, 50 ml og 3ml sprøjterne.
  • Det indsamlede eDNA er nu fikseret på filteret og konserveret i ethanol. Se foto 6.
  • Læg filterenheden i lynlåsposen (med tid, sted, ml opsamlet søvand) og læg den i fryseren med det samme.

​

6 of 16

Hente vandprøve i naturen (40 min)

​

Grupperne går nu til en sø og indsamler vandprøver, der bringes tilbage til laboratoriet. Elevvejledning

​

I laboratoriet eller i felten udføres resten af vejledningen.

��

7 of 16

INTRODUKTION TIL metoden ‘Ekstraktion af eDNA’ (20 min)

​

​

8 of 16

Materialer

9 of 16

Åbning af sterivex-filter

Dette trin udføres af to grupper/læreren

​

​

10 of 16

Prøvenummer Filter 1 og Filter 2

4 grupper arbejder med filter 1 - prøvenummer 1

4 grupper arbejder med filter 2 - prøvenummer 2

11 of 16

Lysering - alle grupper

​

  • Lyseringsbuffer
    • Nedbryder cellerne i filterpapiret
  • Proteinase K:
    • Proteiner, som kan ødelægge DNA, nedbrydes.
  • Varmeskab - 60 min.
    • DNA udtrækkes fra filteret og kommer ud i væsken

​

12 of 16

Binding af DNA i oprensningssøjle

​

  • Bindingsbuffer
    • faciliterer binding af DNA på membranen i oprensningssøjlen
  • Oprensningssøjle
  • Opsamlingsrør

​

13 of 16

Vaske membran - 2 gange

  • Vaskebuffer
    • Faciliterer udvaskning af andre molekyler end DNA fra membranen fra oprensningssøjlen ned i opsamlingsrøret

​

14 of 16

Eluer/frigør eDNA fra membranen

  • Elueringsbuffer
    • eDNA slipper nu membranen i oprensningssøjlen og kommer ud i væsken i det blå eppendorfrør

15 of 16

Del-ekstraktioner samles

4 grupper med prøvenummer 1 overfører væske til DNA-rør 1

4 grupper med prøvenummer 2 overfører væske til DNA-rør 2

​

Begge DNA-rør afleveres til læreren og kommer i fryseren.

​

16 of 16

Opsamling

​

  • Spørgsmål?

​

​