1 of 11

Bioconductorと�そのコミュニティの紹介

@kozo2

1

2 of 11

Bioconductorとは

  • バイオインフォマティクス用の�Rのパッケージ集

​

2

バイオインフォマティクスに�欠かせないパッケージが�Bioconductorには複数存在する

3 of 11

Bioconductorの特徴

​

​

  • CRANとBioconductorの両方で�パッケージを公開することはできない�
  • BioconductorにはBioconductorの�エコシステムが存在する
    • install.packages()ではなくBiocManager::install()
    • Bioconductorの共通データ表現を利用する�ことを推奨
      • Bioconductorのパッケージ間の�相互運用性・コード再利用性の向上のため
    • Bioconductorの流儀に則ったvignetteが必須
    • ...

3

4 of 11

Bioconductorでパッケージを公開するメリット

CRANではなくBioconductorにある方が人目につきやすく使われやすい

    • これ先にやってる人いないかな...?�-> Bioconductor探すか...�
    • a Bioconductor package for … �という論文タイトル�-> とりあえずチェックしとこう

​

4

-> どうすればBioconductorのパッケージの作者になれる? (レビュープロセスは?)

5 of 11

5

理研 露崎弘毅さんの�スライドを引用(許諾済)

6 of 11

Bio-Pack-athon (Japan)

Koki Tsuyuzaki�(@kokitsuyuzaki)�RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research (BDR), Japan.�hundreds of R/Bioconductor packages including －>

Goal: help people with ideas or workflows → Bioc package authors

  • Monthly meetup
  • Teaching material for�Bioc packaging
  • Help apply for Bioconductor/Contributions

​

biopackathon.connpass.com/

BioC Asia�2020 Beijing

2021�Tokyo?

  • Goal is to increase�the number of�Bioc developers and host Bioc Asia 2021�in Japan

sites.google.com/view/biopackathon

Contributions/issues/1513

​

People already contributing

People who will contribute soon ...

Kozo Nishida

(@kozo2)�RIKEN BDR�Bioc CAB�

github.com/ecell/�transomics2cytoscape

Atsushi Fukushima�RIKEN CSRS

Plant�metabolomics

​

github.com/�afukushima/�rRPMM

Kenta Sato

(@bicycle1885)

RIKEN BDR�Single-cell

RNA-Seq�analysis

​

Tom Kelly

(@TomKellyGenetics)

RIKEN IMS�Genomics�Genetics��Software Carpentry

​

https://biocasia2020.bioconductor.org

7 of 11

Bio”Pack”athon

Annual Conferences

Developers’ Forum

世界的コミュニティドリブン開発の傾向とCommunity Advisory Board

​

トレーニングとアウトリーチ活動を調整することにより、ユーザーと開発者コミュニティに力を与えます。

​

Bioconductorのユーザーと開発者があらゆるレベルの経験で生産的で敬意を払って参加�できるようにします。

​

2020年4月に設置

8 of 11

  • Matt Ritchie, The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, Australia
  • Saskia Freytag, Harry Perkins Institute of Medical Research, Australia
  • Kozo Nishida, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research, Japan.

Bioconductor CAB, established 2020

The world map is taken from https://commons.wikimedia.org/wiki/File:BlankMap-World-162E.svg

9 of 11

まとめ

  • CRAN とは異なるBioconductorというパッケージリポジトリがある�
  • Bioconductorでパッケージを公開するとうれしいことがある(人がいる)�
  • Bioconductorのパッケージを作ることをサポートするコミュニティが�日本にある�
  • 世界のBioconductorもコミュニティドリブンの開発に力を入れている�
  • よかったらコミュニティに入ってみてください�

9

10 of 11

さらなる情報へのリンク

10

11 of 11

Feedback? Contact Us

Web: http://bioconductor.org/about/community-advisory-board/

Slack: #community-advisory-board

Email: cab@bioconductor.org

Keep track of future events�using the Google calendar�