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Lucie Khamvongsa-Charbonnier exemple

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

type de données, taille des données, nombre
Analyse de données RNA-seq humain & autres
Cancer

Etat des lieux : (description)

écrit en bash (Slurm, Job array)
6 étapes

Objectif de session travail de mercredi :

Snakemake (réécriture)
fonctionne sur cluster IFB
Profil slurm

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Besseau Samuel

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Etat des lieux : (description)

Objectif de session travail de mercredi :

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Bessoltane Nadia

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Benchmark_params_star : trouver la combinaison de paramètres optimale pour l’alignement de données RNAseq d’une espèce hexaploïde, polyploïde…
tester diff paramètres d’alignement “star”
QC
(pipeline snakemake d’analyse WGS/WES -> détection de SNV/InDels/SV)

Etat des lieux : (description)

écrit en shell

Objectif de session travail de mercredi :

output en dossiers imbriqués
me familiariser avec l’utilisation de checkpoint
(optimisation des ressources : espace, mémoire…)

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Carpentier Marie-Christine (Nextflow)

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Pipeline RNASeq chez Arabidopsis thaliana
Actuellement juste étape mapping et sort.bam
1 échantillon à la volée

Etat des lieux : (description)

Script bash pour un cluster PBS run
Pour tous les ech., boucle for qui lance le qsub

Objectif de session travail de mercredi :

Migrer l’étape du pipeline sous Nextflow
Si y a le temps, ajouter les autres étapes avant avec trimming et après avec comptages et analyse sous R

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Chassagnol Bastien

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Written in Nextflow (in general improve the script)
https://github.com/omnideconv/deconvBench/blame/main/pipeline/main.nf: streamline the comparison and benchmark of cellular deconvolution algorithms
Tool for benchmarking study of second-generation deconvolution methods.…

Etat des lieux : (description)

use of shell motor, apparently it’s better to use script
…

Objectif de session travail de mercredi :

Make it available for the IFB-core cluster
Improve modularity, by using dedicated configuration files for resource materials (for the moment, only one big main Nextflow file)
Possibly update or identify deprecated methods
Overall, adhere to the Institut Curie Geniac standards

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COGNAT Valérie

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Assemblage de génomes bactériens
Short reads / hybrid ou long reads
Utilisation de plusieurs assembleurs / statistiques globales

Etat des lieux : (description)

workflow snakemake v8
…

Objectif de session travail de mercredi :

voir avec le groupe snakemake quelques points bloquants (checkpoint, schemas, gestion des erreurs)
adapter une partie du workflow en nextflow pour évaluer si netxflow serait plus adapté sur des gros workflows (gestion de conditions)

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EL KHADDAR Fadwa (Nextflow)

Contexte scientifique :

Génération d'index Reindeer à partir d'une liste de fichiers fastq en utilisant Nextflow

Etat des lieux : (description)

Téléchargement des fichiers SRA à partir de la base de donnée SRA ncbi et génération de l’index Reindeer utilisé pour la recherche des séquences.

Objectif de session travail de mercredi :

Dans le pipeline Snakemake, j’utilise parallel-fastq-dump qui a besoin d’un certains nombre de threads “chunk” pour télécharger rapidement les fichiers fastq, quand je lance “snakemake –cores $nb_core” , la règle de parallel-fastq-dump prend ce paramètre $nb_core et non pas le nombre de threads défini dans la règle. “J’aimerais savoir si je peux trouver une solution pour ça sur Nextflow”
Paralléliser mieux le traitement des données

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Fall Sidy

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Etat des lieux : (description)

Objectif de session travail de mercredi :

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Goulet Lindsay

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Etat des lieux : (description)

Objectif de session travail de mercredi :

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GUIGON Isabelle

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Donnnées : fichier fasta ou taxid ou identifiants de génome (bactériens)
Récupération de métadonnées concernant les génomes
Lancement d’un logiciel de recherche de clusters de gènes
Création de divers résumés en TSV (scripts Python)

Etat des lieux : (description)

Pipeline écrit en Nextflow
10 Process

Objectif de session travail de mercredi :

Amélioration du pipeline (ça marche mais certaines étapes sont vraiment moches)
…

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Héligon Christophe

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

DL from www + Transforms to rdf/owl (conda)
creates SPARQL endpoint (docker)
performs SPARQL queries → graphs (docker)
performs graph embedding/classifiers training (conda)
performs predictions (conda)

Etat des lieux : (description)

Multiple parameters to test (algo/batchsize/graph_type)
!!! SPARQL steps cannot be run in parallel
python/sparql/bash
(bad) snakemake version exists for local use

Objectif de session travail de mercredi :

Create nextflow script
and/or rework snakemake script to make it good
use apptainer/singularity instead of conda/docker
Make it usable on slurm

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Hinsinger Damien

Contexte scientifique : Traitement des données issues de séquençage NAS

démultiplexage / filtres
mapping
assembly / filtres
statistiques

Etat des lieux : (description)

un launcher qui appelle les scripts de job (équivalent au snakefile)
manuel par le créateur (doctorant)

Objectif de session travail de mercredi :

passage à Snakemake
…

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JOB Bastien

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

NEXTFLOW
Analyse de variations de nombre de copies génomiques (CNA) sur données issues de shWGS (shallow whole genome sequencing) à l’aide de l’outil (R) ichorCNA
Start : FASTQ single end
End : profil CNA
Application : données humaines (mais le pipeline n’a pas forcément à être limité à cette espèce)
Linéaire et mono-échantillon

Etat des lieux : (description)

Gros script bash immonde rempli de boucles de sbatch --wrap
Etat des lieux des modules existants (à priori toutes les étapes sauf un sous-outil Picard)

Objectif de session travail de mercredi :

Amorcer l’enchaînement des étapes : chargement données, QC (fastQC, fastq_screen, multiQC), trimming (fastp), trim QC (fastQC, multiQC), mapping, duplicates marking, QC (samtools, mosdepth, multiQC), ichorCNA.
Apprendre à gérer les dépendances des outils (liste adaptateurs Illumina, FASTA, indexes, wig de mappabilité / GC% , Panel of Normals, …)
Avoir quelques hints conceptuels sur l’utilisation sous plusieurs modes (avec ou sans PoN, génération du PoN, …)

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Lalam Samuel

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

génomique comparative à partir de proteome
…
…

Etat des lieux : (description)

idée de la pipeline avec plusieurs outils potentiels, encore non déterminés
…

Objectif de session travail de mercredi :

avoir une ébauche d’un nextflow sur les étapes principales de la pipeline.
…

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Petit Aurélien

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Assemblage de données nanopore
Utilise plusieurs outils pour : assembly, polishing, scaffolding
raw data -> 2 assemblages

Etat des lieux : (description)

4 étapes par assembleur
Gros script bash

Objectif de session travail de mercredi :

Faire l’architecture de la traduction en snakemake

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Plassard Damien

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Etat des lieux : (description)

Objectif de session travail de mercredi :

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Poirot Olivier

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Lancement d’une recherche blast sur un db splitée sur plusieurs noeuds

Etat des lieux : (description)

Un ensemble de noeuds dispose d’1 portion de la db
Le script lance le blast de la query sur chaque noeud
Gestion du cas d’un noeud qui ne répondrait pas, un noeud de secours doit lancer le blast manquant (redondance de chaque noeud ou envoi dynamique de la sous-db manquante)

Objectif de session travail de mercredi :

Ecriture du script…

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Robin Vivian

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Pipeline to call and annotate somatic copy-number alterations (CNAs) starting from BAM files of aligned reads

Etat des lieux : (description)

nf-core sarek has released figures on these tools and we'd like to compare them with our snakemake pipeline that we're currently building.
snakemake workflow created

Objectif de session travail de mercredi :

Add CNVKit or ASCAT tool in pipeline snakemake…
Use a wrappers (https://github.com/etal/cnvkit, https://github.com/VanLoo-lab/ascat )

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Rousseau Jérémy

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Téléchargement de la banque de données CATH / Gene3d (profil HMM)
Input : séquences fasta (plusieurs fichiers)
Recherche des profils HMM avec hmmsearch

Etat des lieux : (description)

scripts bash disponible
outils disponible dans des conteneurs singularity

Objectif de session travail de mercredi :

écrire le pipeline : nextflow
utilisation avec slurm

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YOUNSI Lilia

Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Etat des lieux : (description)

Objectif de session travail de mercredi :

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Contexte scientifique : ( qu'est-ce que fait le script)

Etat des lieux : (description)

Objectif de session travail de mercredi :