Tahap ini merupakan penyusunan atau pemutakhiran Standar Operasional Prosedur (SOP) tata kelola CIOS di semua unit. Kegiatan ini dilakukan dengan kegiatan workshop pemutakhiran SOP yang melibatkan seluruh pemangku kepentingan. Setelah itu, didokumentaskan dan dilakukan pelaksanaan SOP di masing-masing satuan kerja di lingkungan CIOS UNIDA Gontor. Dari situ, koordinasi kegiatan antarunit kerja CIOS dapat terlaksana.
Pada tahap pertama ini juga dilakukan pengembangan institusi dengan membuat sistem informasi melalui website dan media sosial (Instagram), sebagai fasilitas jaringan CIOS agar informasi terkait program-program CIOS dapat dijangkau oleh masyarakat luas.
Pengembangan institusi juga dengan melakukan pembekalan program tata kelola dengan cara benchmarking ke pusat studi lain sebagai bahan perbandingan dan pembelajaran, juga dengan Focus Group Discussion (FGD) dengan para pakar keislaman dan Barat.