Enseñando
biología in silico con wikidata
Biocolores
Bioinformación
Biocolores
4
LABORATORIO BIOINFORMACION
Contenido
Objetivo
Realizar una práctica de investigación digital para las materias de la carrera de Biología de la Facultad de ciencias usando Wikidata para aplicar algunas de las funciones más innovadoras de la Web disponibles para describir y extraer información con tecnología semántica, colaborativa y abierta, usando cómo ejemplo el color en los colibríes y los felinos.
En el Laboratorio Virtual de BIOinformación de la Facultad de Ciencias UNAM usamos la plataforma de Wikidata distintas maneras en nuestras clases, durante el semestre 2023-2 lo hicimos desde cinco perspectivas distintas:
¿Qué es Wikidata?
Wikidata es la base de datos de conocimiento constituida por elementos que se describen a través de declaraciones formadas por una propiedad y un valor.
Facilita la descripción, recuperación y transferencia de información con significado, además proporciona herramientas para procesar y visualizar la información semántica que contiene.
Wikidata para enseñanza de la biología
Biología del color
El color de los seres vivos es una cualidad de gran importancia biológica porque interviene en la descripción, clasificación y funcionamiento de los organismos, es una área de estudio en boga, existen gran cantidad de publicaciones y datos obtenidos desde muchos dominios disciplinares, por distintos métodos y aproximaciones, ideal para realizar biología in vivo, in vitro e in silico, lo que lo hace un tema interesante y atractivo.
¿Qué es Wikidata?
Elemento
Descripción
Alias
Idiomas
Identificador
Propiedad
Calificadores
Referencias expandidas
Valor
RDF para declaraciones en Wikidata
Sujeto
Objeto
Predicado
Ejemplos
Declaraciones en Wikidata
Sujeto: Corona (Q)
Predicado: Tiene el color (P)
Objeto: Verde (Q)
Sujeto: Colibrí
Predicado: Compuesto por
Objeto: Corona
En wikidata los datos se codifican mediante un elemento (rdf:sujeto), una propiedad (rdf:predicado) y un valor para esa propiedad (rdf:objeto).
Elementos: parte del ave
8. Manchas
9. Nuca
10. Pecho
11. Pico
12.Rabadilla
13. Raya
14. Rectriz
15. Remex
Propiedades
Wikidata y patrones de color
tps://www.wikidata.org/wiki/Q113496102
https://www.wikidata.org/wiki/Q113496395
https://www.wikidata.org/wiki/Q3421342
19
Información obtenida en el servicio de Consulta de Wikidata . Disponible en: https://w.wiki/6k5p.
Patrones de color en felinos
Colección en Wikidata para color felinos
21
Este diagrama muestra las propiedades y elementos de Wikidata de los patrones de color en los felinos, obtenida en el artículo: Variación en la coloración y los patrones del pelaje en los felinos (Rubio-Gutiérrez y Guevara-Chumacero, 2017).
Propiedad compuesto por (P527)
Parte del colibrí
Calificativo color (P462)
Referencia del Artículo https://www.biodiversitylibrary.org/bibliography/112129
Con la referencia describimos el origen
de la declaración
SPARQL
SPARQL es un lenguaje estandarizado para consultar y visualizar el contenido de Wikidata
Preguntas tipo
¿Cómo identificar un felino con base en su patrón de color?
¿Cómo han evolucionado los patrones de coloración en los felinos?
¿Cuáles genes participan en la formación de los patrones de color?
¿Cuáles especies tienen dimorfismo sexual por coloración?
¿Cómo se relaciona la función con la coloración?
Ejemplo de una consulta SPAQL en Wikidata
Registros de los colibríes en wikidata
construcción de consultas: https://query.wikidata.org/querybuilder/
Resultados de la consulta
Habilidades
Éstas prácticas digitales fomentan las siguientes habilidades en los estudiantes:
Materiales disponibles en el Blog BIOgarabatos
30
30
PORTAL, MATERIALES Y RECURSOS EN CONSTRUCCIÓN Y ACTUALIZACIÓN CONSTANTE
Dada la rápida evolución de los recursos electrónicos y como consecuencia de la importancia de la inmediatez de la información científica este portal está en constante actualización.
AGRADECIMIENTOS
Este documento es causa y efecto de mi práctica académica, es producto de los procesos de enseñanza-aprendizaje compartido con mis alumnos, disertación con mis colegas y experimentación compartida con mis colaboradores, a todos ellos agradezco su colaboración. Cualquier error, omisión o inexactitud es solo mi responsabilidad.
Esta obra está bajo una Licencia Creative Commons Atribución 4.0 Internacional.
Layla Michán. 2023.