TP3
Centralidad / Letalidad
Centralidades
Grado
Betweenness
Autovalor
Cercanía
Idea
Una proteína es esencial si es letal. Es decir, si cuando la quitamos la levadura muere.
Una proteína de la red tiene asociado un valor de centralidad para cada definición de centralidad.
¿Existe relación entre esencialidad y centralidad? ¿Podemos explicar la letalidad porque sacar una proteína destruye la topología de la red?
Jeong
La red es casi free-scale donde pocos hubs mantienen su conectividad
Las proteínas esenciales lo son porque son hubs y sacarlas destruye la red
He
Existen muchas más interacciones entre proteínas esenciales de las que esperaríamos.
Deben existir interacciones (enlaces) esenciales, además de proteínas (nodos) esenciales.
Modelo
He
Los hubs son esenciales porque tienen mayor probabilidad de tener enlaces esenciales
La destrucción de la conectividad en la red no es lo importante
Zotenko
Es cierto que las proteínas esenciales suelen ser hubs…
… pero no es cierto que sacarlas destruya la conectividad
Zotenko
La probabilidad de que una proteína (no) sea esencial es independiente de que otra no vecina también (no) sea esencial
Hipótesis: Ni la conectividad ni los enlaces son esenciales. Lo esencial es el rol de la proteína en la formación de complejos, que cumplen funciones.
Zotenko
Hipótesis: Ni la conectividad ni los enlaces son esenciales. Lo esencial es el rol de la proteína en la formación de complejos, que cumplen funciones.
Hubs tienden a formar complejos y por eso son proteínas esenciales
Datos
LIT
AP-MS
Y2H
Data mining from Literature
Affinity Purification
Mass Spectrometry
Yeast Two-Hybrid
LIT Reguly
Data mining from Literature
+ Archivo con proteínas esenciales
Consignas: Reproducir
Tablas 1,2 y Figura 1
Zotenko
Fracción de nodos esenciales vs fracción de ‘hubs’ (en la componente gigante).
Consignas: Reproducir
Tabla 3 Figura 3
Zotenko
A medida que saco nodos de la componente gigante. Fracción de nodos restantes en la componente gigante vs fracción de nodos que saqué.
Col1) Fracción de nodos restantes en la componente gigante, después de sacar todos los esenciales.
Col2) Fracción de nodos restantes en la componente gigante, después de sacar misma cantidad de nodos al azar pero de igual grado.
Centralidades
Grado
Betweenness
Autovalor
Cercanía
Consignas: Reproducir
Figura 2b
He
Tabla 5
Zotenko
Ayuda: Colab