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Wikidata e investigación

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LABORATORIO BIOINFORMACION

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Laboratorio Bioinformación

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Contenido

  1. Ciencia Abierta
  2. Proyectos Bioinformación
  3. Aplicaciones de Wikidata en la investigación en la literatura
  4. Wikiproyectos
  5. Herramientas
  6. Nosotros cómo lo usamos: Un ejemplo

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Resumen

  • Wikidata es la base de datos de la Web, es abierta, colaborativa y semántica, está mantenida por voluntarios e es implementada por Wikimedia Fundation. Esta plataforma presenta una gran cantidad de alternativas que pueden aplicarse para la investigación, en este ocasión, comentaré algunos de los usos que se le pueden dar: 1) Qué hay en la literatura, 2) Wikiproyectos, 3) Literatura, 4) Ejemplo con Biocolores.

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Ciencia Abierta

La ciencia abierta es un movimiento generado principalmente por científicos que promueven una cultura “open” y fomentan la democratización del saber, el conocimiento compartido, estructurado, disponible y reusable.

Además, incluye infraestructura, prácticas, interoperabilidad, estándares y protocolos para compartir la información, los datos y los productos de investigación a través de la Web.

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Ciencia Abierta

Es un fenómeno mundial y en auge, que tiene como principal objetivo brindar acceso a la información producida por los científicos, eliminando las barreras económicas, tecnológicas, sociales, culturales y geográficas, para lograr la difusión del conocimiento, apoyada en valores como la equidad, la justicia, la diversidad, la inclusión, la transparencia y la responsabilidad.

Además promueve los principios FAIR: encontrable, accesible, reusable e interoperable.

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Equipo bioinformación 2022

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“La ciencia abierta no se dice se hace”

Laboratorio de Bioinformación

Facultad de Ciencias

UNAM

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Líneas de investigación

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Biocolores

Bioinformación

Biocolores

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Equipo Biocolores 2022

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Ciencia in silico

Ciencia abierta

Ciencia amable

Ciencia responsable

Ciencia transparente

Ciencia replicable

Ciencia equitativa

Ciencia para todos

Ciencia en español

Ciencia diversa

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Biología del color

Wikidata

@Biocolores

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Wikipedia y Wikidata

Wikidata se enfoca en representar el conocimiento en un formato estructurado, utiliza RDF

Wikipedia está constituida por texto principalmente libre usa el lenguaje natural

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Wikidata

  • Wikidata es la base de datos de internet que permite la edición comunitaria en tiempo real
  • Utiliza Web semántica
  • Permite realizar mapas de conocimientos
  • Se caracteriza por ser libre, colaborativa y multilingüe
  • Sirve como una base de datos secundaria que recopila datos estructurados para dar soporte a Wikipedia, Wikimedia Commons, así como a otras wikis del movimiento Wikimedia y a cualquier persona en el mundo.
  • Es mantenida por la comunidad y se ha ensamblado a partir de repositorios
  • Esta plataforma se adhiere a los principios FAIR de encontrabilidad, accesibilidad, interoperabilidad y reutilización, promovidos y fomentados por las iniciativas mundiales de ciencia abierta
  • Tiene Licencia CC 3.0

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Wikidata

Una plataforma digital útil para implementar la ciencia abierta en la investigación es Wikidata, la base de datos de conocimiento constituida por elementos que se describen a través de declaraciones formadas por una propiedad y un valor.

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Wikidata

Es una plataforma gratuita, semántica, estructurada, colaborativa, abierta, y puede ser leída o editada, tanto por humanos como por máquinas.

Entre sus aplicaciones están, facilitar la descripción, recuperación y transferencia de información con significado, brindar soporte a muchos sitios y servicios, y proporcionar herramientas para procesar y visualizar la información.

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Temas en Biociencias en Wikidata

  • Sika
  • COVID-19
  • Especies
  • Rutas metabólicas
  • Uberon ontología anatomica
  • Ontología tipo celular

Wikiproyectos

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Elementos y propiedades: Color

Elemento

Elemento

Propiedad

Cebra (Q32789)

Blanco (Q23444)

Propiedad

Negro (Q23445)

Blanco y negro

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101 maneras de usar wikidata en Biocolores

  1. Citar artículos científicos en Wikipedia
  2. Buscar artículos científicos
  3. Buscar el DOI
  4. Hacer gráficas de conocimiento
  5. Curar el ORCID
  6. Marcar artículos retractados
  7. Identificar artículos retractados citados
  8. Como ontología para anotar literatura
  9. Análisis métricos
  10. Buscar artículos científicos
  11. Agregar tema principal de la obra
  12. Tema principal de la obra

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Persona

Artículo científico

Taxón

Compuesto químico

Color

Disciplina científica

Tema principal de la obra

Interesado en

Hallado en

Instancia de Wikidata

@Biocolores

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Hallado en taxón P703

@Biocolores

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Estudiado por: P2579

@Biocolores

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Wikidata consultas: color

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Wikidata color colibríes

En el Laboratorio de Bioinformación se realiza un proyecto de ciencia abierta utilizando Wikidata para sistematizar, describir y exhibir tendencias, patrones y relaciones de la información sobre Biología del color en los seres vivos, en este momento se está trabajando con colibríes registrando más de 50 especies de México en la plataforma (https://w.wiki/5kQJ).

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Wikidata

Elemento “colibrí” (Q221209) que hace referencia al animal, se describe con la declaración conformada por la propiedad “instancia de” (P31) y valor “aves” (Q5113).

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Topografía del Colibrí

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Artículo

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Topografía del Colibrí Airtable

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¡Vamos a Wikidata!

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PORTAL, MATERIALES Y RECURSOS EN CONSTRUCCIÓN Y ACTUALIZACIÓN CONSTANTE

Dada la rápida evolución de los recursos electrónicos y como consecuencia de la importancia de la inmediatez de la información científica este portal está en constante actualización.

AGRADECIMIENTOS

Este documento es causa y efecto de mi práctica académica, es producto de los procesos de enseñanza-aprendizaje compartido con mis alumnos, disertación con mis colegas y experimentación compartida con mis colaboradores, a todos ellos agradezco su colaboración. Cualquier error, omisión o inexactitud es solo mi responsabilidad.

Esta obra está bajo una Licencia Creative Commons Atribución 4.0 Internacional.

Layla Michán. 2021.