Université Mohamed Seddik Ben Yahiya�Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie�Département des Sc de l’Environnement �et des Sc Agronomiques � Module: Diagnostic phytopathologique��Option : 2 année Master. Phytopharmacie Appliquée� Dr. Bouziane Z
Définition du terme « diagnostic »:
Le diagnostic et la détection des agents pathogènes et ravageurs présents sur les cultures peuvent être difficiles. Idéalement, il faudrait être en mesure d’identifier, les symptômes, la nature et la quantité des agents pathogènes présents.
Le diagnostic en pathologie végétale résulte d’une observation attentive et réfléchie. Il cherche à répondre à la question : quel est la cause des symptômes que j’observe ? Autrement dit, sont ils dus à un ravageur, une bactérie, un champignon ou est-ce un trouble physiologique ? Une réponse précise à cette question est primordiale à la mise en place de méthodes visant à palier au phénomène.
Les méthodes sérologiques :Elles sont basées sur la spécificité anticorps/antigène d’une réponse immunitaire. La surface des virus/bactéries portent des antigènes qui lui sont spécifiques. Introduit dans une plante.
« anticorps » spécifiques. Ces anticorps sont élaborés en laboratoire et distribués sous forme de Kit de détection spécifique.
COMMENT DIAGNOSTIQUER LES PROBLÈMES PHYTOSANITAIRES DES CULTURES
Pour identifier un problème phytosanitaire, il est essentiel d’intégrer diverses informations :
• Description des symptômes
• Observation de signes
• Information sur la plante hôte
• Date d’apparition des symptômes
• Schéma de développement du problème
• Facteurs climatiques
• Pratiques culturales
Il demeure primordial de prendre le temps de recueillir de l’information.
1- DESCRIPTION DES SYMPTÔMES
Les symptômes fournissent d’excellents indices pour déterminer la cause d’un problème phytosanitaire ou tout au moins pour préciser si le facteur responsable est d'ordre biotique ou abiotique. Tout abord, notre attention est dirigée vers la partie de la plante présentant le symptôme principal. Si un dépérissement est observé chez la plante .Il convient d’inspecter toutes les parties de la plante malade, y compris les racines .
Il devient donc capital d’examiner plus attentivement toutes les parties de la plante soit la tige, le système vasculaire, le collet et les racines. Le dépérissement est-il relié à une maladie fongique ou bactérienne affectant le système vasculaire, les racines ou le collet, à des dommages par des nématodes, au gel hivernal, à une phytotoxicité par un pesticide, à une salinité élevée du sol, à une surfertilisation, à un manque d’eau, à un dommage par un insecte…
B. Patron des symptômes
Le schéma des symptômes, sur les parties affectées de la plante, représente un excellent indice pour nous orienter sur l’origine du problème ou tout au moins pour déterminer si le facteur impliqué est biotique ou abiotique. Des brûlures régulières à la marge des feuilles ou entre les nervures favorisent l’implication d’un facteur non parasitaire comme par exemple une salinité excessive dans le sol, une carence minérale, une perte importante d’eau par le feuillage lors d’une journée chaude, sèche .
Brunissement des tissus internes
Pourridié des racines chez le framboisier
causé par Phytophthora sp.
Galles
Tumeur de la tige chez le framboisier causée par Agrobacteriurm tumefaciens
MOISISSURE GRISE (Botrytis cinerea
Brûlure rectiligne, uniforme et régulière à la marge des folioles occasionnée par une salinité élevée dans le sol
Brûlures à l’apex des folioles ayant une apparence similaire d’une foliole à l’autre. Problème relié à une mauvaise translocation du calcium vers les jeunes feuilles
Ponctuations blanchâtres uniformément répartiessur les folioles associées à une température élevée
Tache de septoriose sur la feuille du plant de tomate causée par Septoria lycopers
Symptômes de la pourriture des racines des plants de haricots ordinaires causée par Fusarium spp
Système vasculaire décoloré d'une racine en raison de Fusarium oxysporum
Maladie de stries du maïs sur la feuille de maïs, causée par le virus de la striure
Symptômes de mildiou sur les tiges de tomate causés par Phytophthora infestans
Chlorose sur les feuilles de haricots à cause du Fusarium oxysporum
Les symptômes de la galle du collet sur les roses causés par Agrobacteriu tumafaciens
Mycélium de Phytophthora infestans sur les fruits de tomate
Oïdium du concombre provoqué par Sphacerotheca fuligenea Chletothecia visibles
Feuilles de maïs avec des symptômes de la rouille des feuilles de maïs causée par Puccinia sorghi
Lorsque le patron des symptômes présente un symétrie soit une grande similarité des symptômes sur les parties affectées de la plante ou une distribution uniforme des symptômes sur les tissus affectés, il est vraisemblable de croire que l’origine du dommage est non parasitaire.
Il en est de même pour la présence de taches de forme et de dimension régulières réparties uniformément sur le feuillage. Celles-ci pourraient être la conséquence d’un facteur non parasitaire. Un jaunissement ou un brunissement des nervures laissent également croire à l’implication d’un facteur non parasitaire comme l’absorption d’un herbicide par les racines, une toxicité ou une carence minérale.
Phytotoxicité par un Herbicide absorbé par les racines
Carence minérale en potassium
Comme il est possible de le constater sur cette photo, certaines maladies parasitaires peuvent engendrer le développement de taches ayant une forme et une distribution symétrique. Ainsi des taches uniformément distribuées sur des feuilles peuvent laisser croire à un problème non parasitaire.
Taches uniformément réparties sur les folioles dues à la tache septorienne causée par le champignon Septoria
Tache angulaire causée par la bactérie Xanthomonas fragariae
Taches causées par le virus Tomato Ring Spot Virus (ToRSV
Pour les problèmes parasitaires, les taches auront tendance à se présenter sous des formes et dimensions différentes, avec un centre clair et une marge foncée, à être angulaires ou accompagnées d'un halo jaune ou aqueux. Ces caractéristiques sont un indice d’un phénomène évolutif d’où la présence d’un agent parasitaire.
2- OBSERVATION DE SIGNES
Outre les symptômes, il arrive d’observer directement l’agent responsable . Ces signes peuvent être présents dans les cas d’une infection par un champignon et une bactérie ou pour d’un dégât causé par un insecte ou un acarien. Pour certains organismes phytopathogènes ou ravageurs, le signe est particulièrement visible et peut être observé à l’œil nu.
Présence de mycélium et de fructifications (spores). L’utilisation d’une loupe peut être d’une grande utilité pour vérifier la présence d’un signe plus discret ou d’un ravageur invisible à l’œil nu.
3- INFORMATION SUR LA PLANTE HÔTE
Il est important de connaître les organismes pouvant causer des dommages aux diverses espèces des végétaux. Bien que le flétrissement verticillien (Verticillium) soit observé régulièrement chez le fraisier. De plus, tous les cultivars ne sont pas nécessairement sensibles aux mêmes ravageurs, organismes pathogènes et facteurs abiotiques.
Il est essentiel de connaître la provenance des plants, si les plants ont été produits (exp:en France) il est possible qu’il soit infecté par le champignon responsable de l’anthracnose (Colletotrichum). Il est important de savoir que ce champignon ne survit pas sous les conditions climatiques de l’Algerie.
4- DATE D’APPARITION DES SYMPTÔMES
L’apparition des symptômes peut être assemblée à un événement survenu à un moment précis. Il suffit de penser aux dommages causés par des facteurs climatiques comme les vents violents, une pluie abondante, les polluants…ou associés à une pratique culturale comme l’utilisation d’un pesticide…
5- SCHÉMA DE DÉVELOPPEMENT DU PROBLEME PHYTOSANITAIRE
Schéma de développement du problème regroupent les principaux éléments permettant de connaître si la cause du problème est biotique ou abiotique.
A. Distribution du problème
Regarder la distribution verticale, c’est-à-dire la localisation des symptômes sur la plante. Premièrement, est-ce que les symptômes sont identiques d’une plante à l’autre et deuxièmement est-ce que le symptômes sur la partie affectée de la plante est toujours situé au même endroit? Si la réponse à ces deux questions est « oui », il est plausible de croire que l’origine du problème est non parasitaire . Par exemple chez le fraisier, si des chancres sur les tiges ont une forme similaire d’une plante à l’autre, il est logique de penser à l’implication d’un facteur abiotique .
Par la suite, examiner la distribution horizontale, c’est-à-dire le patron de répartition des plantes affectées. Si l’ensemble des plantes présentant des symptômes sont localisées en bordure du champ ,il est probable que l’agent soit non parasitaire. Cependant, il est important de signaler que le début d'une infestation par un ravageur peut être en bordure du champ .
B. Pourcentage de plantes affectées
Généralement lorsqu’une une forte proportion de plantes montre un symptôme, il est vraisemblable de penser que l’origine du problème est non parasitaire. A l’inverse, si la proportion de plantes affectées est faible à moyenne, un agent biotique peut être soupçonné.
C. Apparition des dégâts
Une apparition graduelle des symptômes favorise l’implication d’un organisme pathogène car ce dernier se multiplie dans le temps et produit un dommage qui se veut évolutif. Il en est de même pour les ravageurs qui se reproduisent rapidement (acariens, pucerons) ainsi que pour les insectes peu visibles qui causent des dommages aux racines, au collet et à la tige. Au début les symptômes causés par ces ravageurs prennent un certain temps à être visibles à l'œil mais leur évolution est par la suite parfois très rapide.
Il faut comparer les plantes affectées les unes aux autres pour vérifier si la gravité des symptômes varie d’une plante à l’autre, ce qui peut être un indice de la présence d’un problème évolutif soit causé par un organisme pathogène ou un ravageur. Pour les facteurs abiotiques, les symptômes apparaissent généralement soudainement et ne progressent pas dans le temps
De plus, certains facteurs abiotiques vont induire des symptômes évolutifs (ex : carence minérale, herbicide dans le sol, excès d’eau, sécheresse, dommages partiels du système vasculaire par le gel hivernal).
D. Espèces affectées
Si un symptôme se retrouve chez plusieurs espèces végétales, il est peu probable qu’un organisme pathogène ou un ravageur soit impliqué. Il est donc préférable de poursuivre sa démarche en considérant principalement les facteurs abiotiques. Il faut observer si les mauvaises herbes présentent les mêmes symptômes. Il faut aussi vérifier si le problème est présent dans les champs de d’autres producteurs de la région. Si tel est le cas, il est plus que probable que le problème soit relié à un facteur d'ordre environnemental.
6- FACTEURS CLIMATIQUES
Les relevés météorologiques représentent des données pratiques. Les températures extrêmes (chaleur et froid), la pluviométrie (excès d’eau ou sécheresse), l’humidité relative, les vents (vents chauds et secs favorisant une transpiration foliaire intense, la pluie poussée par des vents engendrant des blessures mécaniques), Les facteurs climatiques peuvent être directement responsables des dommages sur une plante ou favoriser le développement d’une maladie parasitaire ou d’une infestation de ravageurs.
7- PRATIQUES CULTURALES
Les informations sur les pratiques culturales peuvent être essentielles pour l’établissement du diagnostic. Les teneurs et les dates d’application des fertilisants et des pesticides, le type de sol (sols légers favorables aux nématodes, au charançon des racines du fraisier et au ver blanc tandis que les sols mal drainés sont favorables aux champignons du sol), le drainage, le pH et la salinité du sol, l’irrigation, la rotation des cultures… peuvent être impliqués dans l’apparition des dommages. Tout comme les facteurs climatiques, les pratiques culturales peuvent prédisposer les plantes à une infection par un organisme pathogène
Il est possible de constater que le diagnostic est la résultante de l’association des faits observés en comparaison avec les informations recueillies dans la littérature et notre expertise dans le domaine. Dans certains cas, pour valider ce diagnostic il est nécessaire de réaliser des tests ou observations en laboratoire pour déterminer avec précision la cause ayant induit le problème.
Nématodes à galles
Pathogènes et ravageurs des solanacées maraîchères (tomate)
Plant de tomate infecté par
Clavibacter michiganensis
Quelques exemples d'introduction de plantes en cultures maraîchères pour la régulation des bioagresseurs
Utilisation du maïs comme plante piège : très attractive pour zea mays (pond )
Semis successifs de maïs 1 mois avant la tomate.
La période d'attractivité du maïs couvre celle de la tomate
Il est nécessaire de semer la bordure par le maïs afin d'obtenir une couverture optimale de la période de floraison de la tomate. En effet, la durée d'attractivité du maïs est plus courte que celle de la tomate. Il est nécessaire de procéder à 3 semis différés du maïs afin d'assurer la meilleure protection de la tomate sur l'ensemble de sa période de floraison.
Un autre exemple d'un effet barrière est ici constitué par une légumineuse annuelle, qui a été placée en écran visuel et physique face au vent pour réduire l'infestation de la parcelle par les mouches blanches est en effet un insecte qui vole dans le sens du vent. Cette culture à port dense et érigé peut donc constituer une barrière efficace, à la fois physique et visuelle contre un ravageur.
caractéristiques des espèces pathogènes recensées sur le milieu PDA
Aspect microscopique de l'Alternaria tenuis
Aspect microscopique de Cladosporum sp
Aspect microscopique de Spilocea oleagina sur milieu de culture
Aspect de Rhizoctonia solani sur milieu de culture et sous microscope
a : sur gélose MA et b : Sous microscope (GX40).
Aspect de Botrytis cinerea sur milieu de culture et sous microscope
a : sur milieu MA, b : sous microscope optique (GX40