Ferramentas em ciência colaborativa e bancos de dados abertos

Programa de Pós-graduação em Ecologia e Recursos Naturais

Relembrando

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Bancos de dados

​

- Melhores práticas

- Sistema DwC = padronização

- Metadados

​

Organization and education, when they interact with each other, they strengthen each other, they are mutually supportive.

3

Noam Chomsky

“

Repositórios de dados ecológicos

​

Centralização integrada

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1

Histórico

Quando?

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- ECO92 (Rio de Janeiro)

​

- Iniciativas nos anos 2000

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- Historicamente individualizado e não-integrado

​

- Descontinuidade

Por quê?

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- Metas de conservação da biodiversidade

​

- Análises de tendências globais

​

- Falta de ferramentas

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Racional

Bendix et al. (2012)

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Dados ecológicos

Tipos de bancos ecológicos

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- baseados taxons

- dados primários

- dados secundários

- mistos

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GenBank

Acesso a bancos de dados abertos

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2

Exemplos de repositórios

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Exemplos de repositórios

Gerais

​

Específicos

​

Repositório de networks

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Acessos

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Via portal ou software

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• Mais simples
• Acesso esporádico

Via API

​

• Necessita configurações avançadas
• Acesso controlado (token)
• Acesso recorrente ou automatizado

Métodos de conferência de qualidade de dados

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Compartilhamento é comunicação

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3

Controle de qualidade

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Correções

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- Anote todas as modificações realizadas e versões criadas

- Salve outra versão corrigida

- Indique onde estas informações estão armazenadas

- Disponibilize e use apenas a versão corrigida, mas guarde a original.

​

​

Controle de qualidade

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QA (Quality assurance)

​

• Quando?
• após entrar os dados
• após atualizações
• após transferência de base

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• Como?
• estatísticas básicas (média, desvios)
• gráficos (histograma, pontos, mapas)
• funções (pacote validate do R)

​

​

• O que checar?
• erros de leitura do arquivo
• valores faltantes
• valores impossíveis
• entradas duplicadas
• coordenadas plotadas corretamente

Controle de qualidade

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Correções

​

- Crie um protocolo de validação

​

Ex:

• Números: decimal, inteiro, real
• Caracteres: letras, letras e números
• Datas: formato correto (CUIDADO COM O EXCEL!!)

​

​

​

Exemplo

​

• Deveriam existir apenas números em quais colunas?
• São permitidos campos vazios?
• Existem valores que foram salvos como fórmulas?
• Existem erros reportados?
• Existem nomes diferentes? Letras maiúsculas, separadores diferentes etc.

Alimentando um banco de dados

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4

Exemplo

17

Exemplo

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Atividade 3

• Acessar GBIF e SibBR

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• Escolher um grupo taxonômico (Plantae ou Animalia) e baixar os dados de, ao menos, dois municípios brasileiros (seu município de origem e Campos dos Goytacazes).

​

• Conferir e limpar dados

​

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Momento reflexivo

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5

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Parker et al. (2016) Transparency in Ecology and Evolution: Real Problems, Real Solutions.

​

Stosic et al. (2021) Greater belief in science predicts mask-wearing behavior during COVID-19.

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​

​

​

Momento reflexivo

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5

Leitura crítica

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Dutta et al. (2021) Decolonizing Open Science: Southern Interventions. Journal of Communication, 71 (5): 803-826.

Carroll SR, et al. (2020) The CARE Principles for Indigenous Data Governance. Data Science Journal, 19(43):1-12

Referências

• https://www.dataone.org/esa-2011-how-manage-ecological-data-effective-use-and-re-use
• https://datacarpentry.org/spreadsheet-ecology-lesson/
• https://www.britishecologicalsociety.org/wp-content/uploads/Publ_Data-Management-Booklet.pdf
• https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1890/120375
• https://obis.org/manual/
• https://www.gbif.org/standards
• Bendix J, Nieschulze J, Michener W (2012) Data platforms in integrative biodiversity research. Ecological Informatics, 11:1-4. DOI:10.1016/j.ecoinf.2012.04.001

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