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����EXPOSE : SYSTEMATIQUE� (TAXONOMIE OU TAXINOMIE) : Par PROPORTION GC (GC%)���

I°) INTRODUCTION :

1. Taxinomie :

C’est la science qui étudie le classement des individus. Ce classement consiste à former des groupes d’individus qui se ressemblent selon des critères prédéfinis et à éliminer ceux qui s’en distinguent qui pourront former un autre groupe avec leurs semblables, ces groupes sont appelés taxons.

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Les échelons hiérarchiques sont :

Règne-Embranchement-Classe-Ordre-Famille genre espèce. On utilise parfois des échelons intermédiaires : sous embranchement tribu (sous famille) ou sous espèce.

2. Taxonomie ou systématique en GC% :

Est la classification des individus suivant le pourcentage GC. 

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II. TECHNIQUE

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Ce rapport est mesurable grâce à une caractéristique particulière de l’ADN bicaténaire l’ hypochromicité.

En effet, l’ADN double brin absorbe faiblement à 260nm, car les bases se font face dans la double hélice. La rupture des liaisons hydrogènes entre les bases, par action d’un agent dénaturant (la chaleur par exemple) entraine la séparation des deux brins (dénaturation) et une forte augmentation de l’absorbance à 260nm appelée l’effet hyperchromique.

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Lorsque l’agent dénaturant est la chaleur, la température permettant d’obtenir une augmentation de l’absorbance de 50% par rapport à l’absorbance maximale, la température de transition Tm. Cette température est d’autant plus élevé que le nombre de paires GC est élevée car il y a trois liaisons hydrogènes entre G et C, contre deux entre A et T.

Le GC% varie selon les espèces il est donc intéressant du point de vue taxonomique.

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  • Les bactéries dont les GC% diffèrent de plus de 10% ne peuvent appartenir au même genre.
  • Les bactéries dont les GC% diffèrent de plus de 3% ne peuvent appartenir à la même espèce,

Certaines bactéries peuvent avoir les GC% identiques sans qu’elles soient proches (bases disposées de manière différente sur l’ADN). .

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Exemple : Le GC% de staphylococcus aureus est d’environ 30% tandis qu’il est compris entre 62-70% pour le genre microcoques d’où la non appartenance au même genre.

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