Otwarte bazy danych obrazów mózgu

dr n. med. Mikołaj A. Pawlak

Plan prezentacji

• przegląd istniejących inicjatyw obrazowych
• uwarunkowania sprzętowe i finansowe

Nationale Kohorte

• Narodowy projekt ministerstwa nauki i edukacji Niemiec
• Szeroki zakres badań (30 000 skanów mózgu)
• ogromna skala projektu 200 000 osob od 20 do 69 r.ż
• http://www.nationale-kohorte.de/content/The-German-National-Cohort-aims-study-design-and-organization.pdf

​

Cele Nationale Kohorte

• http://www.nationale-kohorte.de/index_en.html
• ​

National Database for Autism Research

• The National Database for Autism Research (NDAR) is an NIH-funded research data repository
• aims to accelerate progress in autism spectrum disorders (ASD) research through data sharing, data harmonization, and the reporting of research results
• serves as a scientific community platform and portal to multiple other research repositories, allowing for aggregation and secondary analysis of data

​

​

​

​

https://ndar.nih.gov/

1000 Functional Connectomes

http://fcon_1000.projects.nitrc.org/

Rockland sample

ADHD 200

• Międzynarodowy projekt w celu identyfikacji obrazowych cech związanych z ADHD.
• Struktura analizy oparta na bazie konkursu w dziedzinie machine learning

Autism Brain Image Database ABIDE

• 539 ASD
• 579 NC
• Dane strukturalne T1 i DTI
• Resting state BOLD fMRI
• Dane behavioralne
• 17 ośrodków badawczych

NIH Pediatric database

• dane strukturalne mózgu zebrane seryjnie od 5 roku życia do 18 r.ż
• Informacja o dynamice zmian w strukturze mózgu w czasie w normalnej populacji

Brain Development Database

Brain Development Database IXI

IXI - Information eXtraction from Images (EPSRC GR/S21533/02)

The images in NIFTI format can be downloaded from here:

• T1 images (all images)
• T2 images (all images)
• PD images (all images)
• MRA images (all images)
• DTI images (all images, bvecs.txt, bvals.txt)
• Demographic information (spreadsheet)

​

Alzheimer Disease Neuroimaging Initiative

• Największy projekt nakierowany na ilościową ocenę atrofii w przebiegu choroby Alzheimera
• Początkowy budżet ~$60M
• Aktualnie startuje �3 iteracja projektu

ADNI perspektywy

Otępienie to nie tylko problem neurologiczny, to głównie wyzwanie cywilizacyjne

Rozwój badań

Projekt stworzył ramy badawcze

Aktualnie skupia się na powieleniu schematu badania na inne ośrodki ADCS

Parkinson Progression Markers Initiative

• Baza danych obrazów mózgu oraz biorepozytorium próbek biologicznych pochodzących od pacjentów z chorobą Parkinsona
• Celem jest stworzenie grupy referencyjnej danych biologicznych do oceny progresji choroby Parkinsona

The Open Access Series of Imaging Studies (OASIS)

• cross-sectional collection of 416 subjects aged 18 to 96
• For each subject, 3 or 4 individual T1-weighted MRI scans obtained in single scan sessions are included
• longitudinal collection of 150 subjects aged 60 to 96. Each subject was scanned on two or more visits, separated by at least one year for a total of 373 imaging sessions

Human Connectome Project

Human Connectome Project

S - 1200 osób (MRI, Genetyka, Cognition)

S - obszerny zakres badań strukturalnych mózgu na skanerach 3T(Skyra HCP) i 7T

W - bardzo ograniczony protokół oceny języka

O - Kilkugodzinny protokół badania neuropsychologicznego rozłożony na dwa dni

T - bardzo duża pula zainteresowanych wykorzystaniem tych danych

​

Big Data - computing needs

• narzędzia idą w stronę chmury
• inicjatywy typu nitrc
• repozytoria oprogramowania
• repozytoria danych
• udostępnianie
• status Human Brain Project (Fr)
• wirtualne jednostki badawcze

Open Science Prize

https://www.openscienceprize.org/

​

Neuro Data Without Borders