Πληροφορική της Υγείας

Εργαστήριο 4^ο

​

​

Η υπεύθυνη του μαθήματος:

Παναγιώτα Σπυρίδωνος

e-mail: pspyrid@uoi.gr

Περιεχόμενα

• Μηχανή αναζήτησης PubMed
• MedLine διαμέσου PubMed με την χρήση όρων ΜeSH-Αυτόματος προσδιορισμός όρων
• Βελτίωση των αναζητήσεων με χρήση της Βάσης MeSH

​

​

​

Medline contains over 28 millions citations from over 5000 indexed journals

In 37 languages starting from 1948

2000-4000 citations are indexed weekly

Article Citation example

Book citation example

Book chapter citation example

PubMed: Βασική αναζήτηση και Αυτόματος Προσδιορισμός Όρων

(Automatic Term Mapping-ATM)

Στο παράδειγμα αυτό βλέπουμε πώς γίνεται η βασική αναζήτηση σε PubMed: Οι όροι που πληκτρολογήσαμε αναζητούνται τόσο ως λέξεις «κλειδιά» όσο και ως ειδικοί όροι Mesh

Αυτόματος Προσδιορισμός Όρων -ΑΤΜ

Pubmed ψάχνει με την εξής σειρά:

1. SUBJECTS

​

• JOURNALS

​

• AUTHORS

​

MeSH

Χρησιμοποιώντας το Λεξικό-Βάση MeSH

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html

Μπορούμε να βελτιώσουμε σημαντικά τα αποτελέσματα των αναζητήσεών μας αν χρησιμοποιήσουμε την βάση δεδομένων MeSH, για τον προσδιορισμό των όρων MeSH, αντί να αφήσουμε τη μηχανή αναζήτησης PubMed, να επιλέξει αυτόματα για εμάς αυτούς τους όρους (Automatic Term Mapping)

Χρησιμοποιώντας τη βάση MeSH τα πλεονεκτήματα είναι:

• Η ιεραρχική δομή του δέντρου ΜeSH μπορεί να προτείνει ευρύτερους ή ειδικότερους όρους από αυτόν που έχω αρχικά επιλέξει
• Μπορώ να επιλέξω αν θα συμπεριλάβω ή όχι στην αναζήτησή μου ειδικότερους όρους
• Περιορίζω τον όρο αναζήτησης να είναι το κύριο θέμα σε ένα άρθρο, και όχι απλά να αναφέρεται σαν λέξη στον τίτλο του άρθρου
• Επιλέγω υπό-τιτλους (subheadings) όπως diagnosis, drug therapy etc…, οι οποίοι περεταίρω εξειδικεύουν και κάνουν περισσότερο σύνθετη την αναζήτηση

http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html

Οι όροι MeSH εκφράζουν τις ιδέες και τις έννοιες από ολόκληρο το άρθρο, όχι μόνο εκείνων που αναφέρονται στον τίτλο και την περίληψη

*** H αναζήτηση με όρους MeSH έχει νόημα μόνο για ευρετηριασμένες αναφορές του MedLine.

Άσκηση 1: Βρείτε για τον όρο Cancer τον αντίστοιχο όρο ΜeSH

Άσκηση 2: Βρείτε αναφορές άρθρων με κύριο θέμα «Λευκεμία και Εθνολογικά χαρακτηριστικά»

• Αναζητήστε τον όρο MeSH για Leukemia. Παρατηρείστε τα αποτελέσματα. Δείτε ότι ο αντίστοιχος όρος MeSH είναι πάλι Leukemia.
• Κλικάρετε τον όρο, για να δείτε περισσότερα.
• Κάνετε τις επιλογές: Restrict Search to Major Topic headings only, και από τους υπότιτλους επιλέξτε ethnology.
• Στην συνέχεια πηγαίνετε στην πτυσόμεμη λίστα Send to και επιλεξτε Send to Search Box with AND. Στην συνέχεια κλικάρετε την επιλογή search PubMed.

Νέα αναζήτηση αναφορών για «Επιδημιολογικές έρευνες για την Λευκεμία στην Ελλάδα».

• Επιλέγετε, MeSh όρο “Leukemia” και από την Λίστα Sent to, επιλέγετε Send to Search Box with AND.
• Στο ίδιο παράθυρο συνεχίζετε την ΜeSH αναζήτηση όρου για Greece. Από τα αποτελέσματα επιλέγετε epidemiology, και από την λίστα Send to ξανά επιλέγετε Send to Search Box with AND.

(Η σύνταξη του ερωτήματος στην περιοχή αναζήτησης θα πρέπει να είναι: "Leukemia"[Mesh] AND "Greece/epidemiology"[Mesh])

• Ολοκληρώστε την αναζήτηση PubMed. Στο αποτελέσματα της αναζήτησης δείτε τις επιλογές που έχετε στην εμφάνιση των αποτελεσμάτων (Display Settings)
• Δείτε πώς μπορείτε να βάλετε περιορισμούς (LIMITS) και να φιλτράρετε περαιτέρω τα αποτελέσματα των αναζητήσεών σας.
• Από την τελευταία σας αναζήτηση επιλέξτε τις αναφορές πλήρους κειμένου και να τις ταχυδρομήσετε στην προσωπική σας ηλεκτρονική διεύθυνση.
• Κάνετε εγγραφή και δημιουργείστε λογαριασμό στο My NCBI για να αποθηκεύετε τις αναζητήσεις σας.

�Η εξάσκηση τελειοποιεί!�☺ ☺ ☺ �

Μπορείτε να εξασκηθείτε με τα παραδείγματα που ακολουθούν…

Συγκρίνετε τα αποτελέσματά σας πραγματοποιώντας αναζήτηση χωρίς όρους MeSH

Αναζητήστε αναφορές των τελευταίων 5 ετών με θέμα: “Fat diet and breast cancer”. Βελτιώστε την αναζήτησή σας με την χρήση όρων Mesh. [Επιλέξτε η αναζήτηση να γίνει με Mesh Major Topic]. Αποθηκεύστε την αναζήτησή σας στο MY NCBI

Απάντηση: 2 αναφορές για την τρέχουσα χρονική περίοδο

Αναζητήστε αναφορές σε κλινικές μελέτες με θέμα “methods or statistical/numerical data of liver transplantation” in humans, δημοσιευμένες την τελευταία διετία. [Περιορίστε τον αριθμό των αποτελεσμάτων με την επιλογή Mesh Major Topic]. Αποθηκεύστε την αναζήτησή σας στο MY NCBI

Απάντηση: 27αναφορές για την τρέχουσα χρονική περίοδο

Αναζητήστε αναφορές των τελευταίων 10 ετών με θέμα “circadian rhythm and heart surgery”. [Ο όρος circadian rhythm να αναζητηθεί ώς Mesh Major Topic]. Αποθηκεύστε την αναζήτησή σας στο MY NCBI

Απάντηση:10 αναφορές για την τρέχουσα χρονική περίοδο

Αναζητήστε αναφορές των τελευταίων 5 ετών με θέμα: “Aspirin and heart attack prevention”. Βελτιώστε την αναζήτησή σας με την χρήση όρων Mesh. [Επιλέξτε η αναζήτηση να γίνει με Mesh Major Topic]. Αποθηκεύστε την αναζήτησή σας στο MY NCBI

Απάντηση: 14 αναφορές για την τρέχουσα χρονική περίοδο

Αναζητείστε Review αναφορές των τελευταίων 10 ετών με θέμα “Genes associated with Multiple sclerosis. [Περιορίστε τον αριθμό των αποτελεσμάτων με την επιλογή Mesh Major Topic] Αποθηκεύστε την αναζήτησή σας στο MY NCBI

Απάντηση: 3 αναφορές για την τρέχουσα χρονική περίοδο

Βρείτε αναφορές των τελευταίων 10 ετών με θέμα “Neoplastic processes and green tea. Ο όρος “Neoplastic processes” να αναζητηθεί με την επιλογή [Mesh Major Topic] Αποθηκεύστε την αναζήτησή σας στο MY NCBI

Απάντηση: 12 αναφορές για την τρέχουσα χρονική περίοδο

Μαθησιακά αποτελέσματα

• Γνωρίζω την αναζήτηση βιβλιογραφικών αναφορών σε Medline διαμέσου Pubmed
• Γνωρίζω και χρησιμοποιώ τα διαθέσιμα φίλτρα για περιορισμό των αναζητήσεων
• Κατανοοώ τη δομή και τη λειτουργία του δέντρου MeSH
• Γνωρίζω τί είναι ο αυτόματος προσδιορισμός όρου (Automatic Term Mapping)
• Κατανοώ και γνωρίζω τη χρήση των ειδικών όρων MeSH για περισσότερο αποδοτικές αναζητήσεις.
• Χρησιμοποιώ τις on-line υπηρεσίες που έχει η υπηρεσία αναζήτησης PubMed