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Ferramentas em ciência colaborativa e bancos de dados abertos

Programa de Pós-graduação em Ecologia e Recursos Naturais

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Relembrando

2

​

​

- Compartilhamento

​

- Reprodutibilidade

​

- Controle de versão

​

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Organização dos dados

  • Focado em eventos centrais
  • Lógica hierárquica

3

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Disponibilização e visualização de dados online

4

1

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Organização de projeto

5

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Website no GitHub

​

  • Comunicação

​

  • Visibilidade

​

  • Acesso

6

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GitHub + Zenodo

Tentador, mas…

7

+

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GitHub + Zenodo

Tentador, mas…

8

Soberania de dados

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Repositório vs. Data Paper

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Repositório de Dados

Foco na Preservação. É o "backup" científico oficial com DOI para o dataset bruto.

Data Paper

Foco no Reconhecimento. Artigo revisado que descreve o valor e métodos do dataset.

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Revistas de dados

  • Data paper é revisado por pares

​

  • Equivale a uma publicação em indexadores (e.g., índice H)

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https://www.gbif.org/data-papers

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https://essd.copernicus.org/preprints/essd-2024-244/#discussion

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Atividade 5

  • Fazer um branch no seu repositório ciencia_colab
  • Adicionar gráficos descrevendo resultados (ex. número de espécies por região)
  • Comentar passos e descrever resultados
  • Realizar um merge

​

  • Renderizar como HTML
  • Publicar no GitHub
  • Adicionar o endereço da página criada ao repositório da atividade 4 via pull request

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Momento reflexivo

12

4

Dutta et al. (2021) Decolonizing Open Science: Southern Interventions

​

Carroll SR, et al. (2020) The CARE Principles for Indigenous Data Governance

Collective Benefit

Authority to Control

Responsibility

Ethics

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Momento reflexivo

13

2

Gundersen OE et al. (2018) On Reproducible AI: Towards Reproducible Research, and Digital Scholarship in AI Publications.

​

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Dúvidas práticas

14

3

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Trabalho autoral final

​

  • Criar um GitHub Pages

​

  • Deve conter rotinas explicando o passo-a-passo desde a aquisição, controle de qualidade, e análise breve dos dados

​

  • O uso de dados de bases abertas pode ser substituído por dados do autor que estejam com acesso aberto ou já publicados

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Atividades

  • Prazo: 25/09
  • Criar um repositório ciencia_colab_SEU-NOME no github
  • Criar uma pasta para cada atividade dentro do repositório
  • Convidar cammcordeiro para colaborar
  • Dúvidas a qualquer momento por email
  • Responder questionário do momento reflexivo (apenas dos quais participou)

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Considerações finais

​

Comunique-se

17

4

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A perseverança é a mãe da boa sorte.

(La diligencia es la madre de la buena ventura)

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Miguel de Cervantes

​

​

“

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Referências

  • https://www.dataone.org/esa-2011-how-manage-ecological-data-effective-use-and-re-use
  • https://rmarkdown.rstudio.com/index.html
  • https://peld-iloc.github.io/Peld_Iloc_Data_WS/github.html
  • https://git-scm.com/book/en/v2/Getting-Started-Installing-Git
  • Clark et al. (2020) doi: 10.1038/s41586-019-1903-y
  • Evanega et al. (2020) https://allianceforscience.cornell.edu/wp-content/uploads/2020/10/Evanega-et-al-Coronavirus-misinformation-submitted_07_23_20-1.pdf
  • Lönnstedt et al. (2014) doi: 10.1098/rsbl.2014.0281
  • Munday et al. (2020) doi: 10.1038/s41586-020-2803-x
  • Dutta et al. (2021) doi: 10.1093/joc/jqab027

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