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Ferramentas em ciência colaborativa e bancos de dados abertos

Programa de Pós-graduação em Ecologia e Recursos Naturais

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Relembrando

2

REPOSITÓRIOS

​

- Tipos de repositórios de dados ecológicos

- Como acessar bases de dados abertos

- Controle de qualidade

​

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“Above all else, show the data.”

3

Edward R. Tufte

​

​

“

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Compartilhamento e pesquisa reprodutível

​

(Git e GitHub)

4

1

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Falha de comunicação

Comunicação enganosa

​

  • Camadas culturais
  • Erro simples
  • Oportunidade
    • Esconder, Omitir, Confundir, Falsificar

5

Anolli, L., Ciceri, R., & Riva, G. (Eds.). (2002). Say not to say: New perspectives on miscommunication (Vol. 3). Ios Press.

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Falha de comunicação

Erros históricos

  • Torre de Babel (mito bíblico)

​

6

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Falha de comunicação

Erros históricos

  • Torre de Babel (mito bíblico)
  • Cavalo de Tróia ('conto' grego)

​

7

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Falha de comunicação

Erros históricos

  • Torre de Babel (mito bíblico)
  • Cavalo de Tróia ('conto' grego)
  • Crise dos mísseis em Cuba (1962)

​

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Falha de comunicação

Erros históricos

  • Torre de Babel (mito bíblico)
  • Cavalo de Tróia ('conto' grego)
  • Crise dos mísseis em Cuba (1962)
  • O bug do milênio (1999)

​

9

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Falha de comunicação

Erros históricos

  • Torre de Babel (mito bíblico)
  • Cavalo de Tróia ('conto' grego)
  • Crise dos mísseis em Cuba (1962)
  • O bug do milênio (1999)
  • 'Crise democrática' e negacionismo (2010's)

​

10

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Reprodutibilidade

Ética e responsabilidade

​

- Fraudes

- Descrédito

- Negacionismo

11

Ex. Mudanças climáticas e COVID-19

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Reprodutibilidade

Ética e responsabilidade

​

- Fraudes

- Descrédito

- Negacionismo

12

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Reprodutibilidade

Ética e responsabilidade

​

- Fraudes

- Descrédito

- Negacionismo

13

Evanega et al. (2020)

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Reprodutibilidade

Ética e responsabilidade

​

- Pseudo-replicação

- Valor de p

- Baixa replicabilidade

- Metodologia incompleta/falha

14

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Reprodutibilidade

Ética e responsabilidade

​

- Pseudo-replicação

- Valor de p

- Baixa replicabilidade

- Metodologia incompleta/falha

15

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Transparência

16

Parker et al. (2016) 10.1016/j.tree.2016.07.002 1

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Controle de versão

​

Versatilidade e controle

17

2

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Controle de versão

18

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Controle de versão

Git

​

- programa de controle de versão

- cria ramos independentes que podem ou não ser fusionados

- comentário de alterações (commit)

- controle local

19

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Controle de versão

GitHub

​

- servidor Microsoft

- repositório = projeto

- alterações na rede

- commit, branch, fork

​

20

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Controle de versão

21

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Controle de versão

22

Local

Remoto

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Workflow

Comando-chave:

  • commit

​

  • push
  • pull

​

  • fork
  • pull request
  • branch
  • merge

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fonte: xkcd.com/1597

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Workflow

Comando-chave:

  • commit

​

  • push
  • pull

​

  • fork
  • pull request
  • branch
  • merge

24

Controle de versão

Colaborando

fonte: xkcd.com/1597

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RMarkdown

O que é?

​

- Documento de texto que permite mesclar texto puro e código executável

​

- chunck ou inline

25

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RMarkdown

Códigos

​

- Cabeçalho YAML

​

  • Linguagem de metadado
  • Define os parâmetros do documento

26

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RMarkdown

Códigos

​

- Cabeçalho YAML

​

  • Linguagem de metadado
  • Define os parâmetros do documento

27

Cabeçalho

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RMarkdown

Códigos

​

- chunks em diferentes linguagens (R, Python, Bash CSS, JavaScript, SQL)

​

  • Execução de tarefas
  • Links com outros documentos

28

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RMarkdown

Códigos

​

- Cabeçalho YAML

​

  • Linguagem de metadado
  • Define os parâmetros do documento

29

chunck

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RMarkdown

30

chunck

código

linguagem

Nome do chunck

chunck

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RMarkdown

Arquivos de saída (output)

​

- website (HTML, CSS)

- documentos (DOC, PDF, rtf etc)

- slides (html, ppt)

- dashboard

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Rotinas de aquisição de dados em bases abertas

​

Exemplo

32

3

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Atividade 4

Parte 1

  • Clonar o repositório ciencial_colab_a4 (fazer um fork)
  • Editar o arquivo 'participantes.csv' inserindo seu nome e usuário do GitHub
  • Enviar pull request

​

Parte 2

  • Transferir rotina para RMarkdown
  • Criar um repositório no GitHub chamado ciencia_colab e transferir arquivos para lá
  • Realizar um commit e um push

​

​

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Momento reflexivo

34

4

Dutta et al. (2021) Decolonizing Open Science: Southern Interventions

​

Carroll SR, et al. (2020) The CARE Principles for Indigenous Data Governance

Collective Benefit

Authority to Control

Responsibility

Ethics

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Momento reflexivo

35

4

Leitura crítica

​

Gundersen OE et al. (2018) On Reproducible AI: Towards Reproducible Research, and Digital Scholarship in AI Publications. AI Magazine, 39(3): 56-68.

UNESCO (2021) Recomendação da UNESCO sobre Ciência Aberta. https://doi.org/10.54677/XFFX3334

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Referências

  • https://www.dataone.org/esa-2011-how-manage-ecological-data-effective-use-and-re-use
  • https://rmarkdown.rstudio.com/index.html
  • https://peld-iloc.github.io/Peld_Iloc_Data_WS/github.html
  • https://git-scm.com/book/en/v2/Getting-Started-Installing-Git
  • Clark et al. (2020) doi: 10.1038/s41586-019-1903-y
  • Evanega et al. (2020) https://allianceforscience.cornell.edu/wp-content/uploads/2020/10/Evanega-et-al-Coronavirus-misinformation-submitted_07_23_20-1.pdf
  • Lönnstedt et al. (2014) doi: 10.1098/rsbl.2014.0281
  • Munday et al. (2020) doi: 10.1038/s41586-020-2803-x
  • Parker et al. (2016) doi: 10.1016/j.tree.2016.07.002

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