Методы секвенирования ДНК

1

2

План занятия

1. ПЦР
2. Электрофорез
3. Секвенирование по Сэнгеру
4. Секвенирование Illumina
5. Nanopore

3

Что такое ПЦР и для чего она используется?

4

Полимера́зная цепна́я реа́кция (ПЦР) — метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты в биологическом материале (пробе).

5

6

http://dx.doi.org/10.1007/s10404-023-02677-w

7

Электрофорез

Агар (пищевая добавка Е406)

Агароза

Технологии секвенирования

• 1-е поколение

9

Sanger sequencing

• 2-е поколение

• 3-е поколение

https://mipt.lectoriy.ru/lecture/Biology-Molecular-L02-Skoblov-140910.01

https://mipt.lectoriy.ru/lecture/Biology-Molecular-L02-Skoblov-140910.01

Электрофорез

https://www.youtube.com/watch?v=wdS3j0TgbjM

Next Generation Sequencing (NGS)

15

• 2-е поколение

Illumina sequencing

16

Что такое покрытие?

17

[http://gcat.davidson.edu/phast/]

Это сколько раз в среднем покрыт ридами нуклеотид генома?

Формат FASTQ

18

Оценка вероятности ошибки чтения каждой буквы – quality scores

19

www.drive5.com/usearch/manual/quality_score.html

Секвенирование 3-го поколения

20

• 3-е поколение

Nanopore sequencing

21

https://nanoporetech.com/

ДЗ. Сервер. Github, colab

22

Colab

• https://colab.research.google.com/

​

• https://ipython.readthedocs.io/en/stable/interactive/magics.html

23

Git. Github

https://docs.github.com/ru/get-started/writing-on-github/getting-started-with-writing-and-formatting-on-github/basic-writing-and-formatting-syntax

24

Tutorial

https://docs.github.com/en/get-started/start-your-journey/hello-world