TP N°12
Modelado por Homología y AlphaFold2
Estructuras 3D
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
https://www.ccpn.ac.uk/manual/v3/NEFAtomNames.html
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
Cadenas Laterales
CB - Carbono Beta
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
Cadenas Laterales
CB - Carbono Beta
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
Cadenas Laterales
CB - Carbono Beta
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
Cadenas Laterales
CB - Carbono Beta
¿Cuál de todos estos no va a existir en la glicina?
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
Cadenas Laterales
CB - Carbono Beta
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
Cadenas Laterales
CB - Carbono Beta
¿Cuál de todos estos no va a existir en la prolina?
Nomenclatura de átomos en aminoácidos
Backbone
H - Hidrógeno amida
N - Nitrógeno amida
CA - Carbono alpha
HA - Hidrógeno alpha
C - Carbono del carbonilo
O - Oxígeno del carbonilo
Cadenas Laterales
CB - Carbono Beta
Estructuras 3D
Resolución
RMSD
RMSD
RMSD
Ramachandran plot ¿Qué es?
Los puntitos negros señalan un único residuo aminoácido de alanina. Los otros átomos forman parte de residuos adyacentes en la cadena polipeptídica.
Hay dos enlaces peptídicos.
Cα C H N Ox
Presentación y animaciones realizadas por Eric Martz
Traducción al español realizada por Angel Herráez
Licencia: Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional
Cada aminoácido tiene dos enlaces en la cadena principal (esqueleto o armazón) que pueden rotar, definiendo los ángulos diedros
fi (φ, phi) y psi (ψ).
Los enlaces peptídicos no pueden rotar porque son enlaces parcialmente dobles.
Cα C H N Ox
Presentación y animaciones realizadas por Eric Martz
Traducción al español realizada por Angel Herráez
Licencia: Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional
Puesto que no puede rotar, cada enlace peptídico mantiene 6 átomos en un mismo plano.
Sin embargo, la mayor parte de los valores posibles de fi (φ) y psi (ψ) no son viables debido a que suponen colisión entre los átomos. Las esferas dibujadas aquí son mucho más pequeñas que los átomos a los que representan.
Cα C H N Ox
Presentación y animaciones realizadas por Eric Martz
Traducción al español realizada por Angel Herráez
Licencia: Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional
Este es el tamaño real de los átomos.
Cα C H N Ox
Presentación y animaciones realizadas por Eric Martz
Traducción al español realizada por Angel Herráez
Licencia: Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional
Esta simulación muestra las colisiones que se producirían si se permitieran solapamientos de van der Waals, físicamente imposibles.
Cα C H N Ox
Presentación y animaciones realizadas por Eric Martz
Traducción al español realizada por Angel Herráez
Licencia: Atribución-NoComercial-CompartirIgual 4.0 Internacional
Psi
En esta animación, fi se fijó en 0º. Hay colisiones para todos los valores de psi. Por lo tanto, �fi = 0º es físicamente imposible.
En esta animación, fi se ha fijado en -80º. Hay colisiones para todos los valores de psi excepto:
entre +10 y -55º (hélice alfa)
entre +90 y 180º (hebra beta)
Modelado por homología
Modelado por homología
Modelado por homología
Ramachandran plot
Alineamiento estructural contra templado
Otras medidas de Confianza (que no vamos a calcular, pero las usa AF)
LDDT (Local Distance Difference Test)
Es un método que evalúa la calidad del modelo comparando a una estructura de referencia. No depende del alineamiento estructural.
Mide las diferencias en las distancias locales entre átomos en un modelo y una estructura de referencia. Considera todos los átomos del modelo, y no sólo los átomos del backbone.
Es menos sensible a movimiento de dominios en proteínas multi dominio. Es una medida de confianza local
Otras medidas de Confianza (que no vamos a calcular, pero las usa AF)
Varía entre 0 y 100. Cuanto mayor es el valor, más parecido es a la estructura de referencia.
Se toman los pares de átomos dentro de una cierta distancia (en general 15Å) y se calcula la fracción de pares que difieren en distancia en <=0.5 Å, <=1 Å, <=2 Å y <=4 Å. El score es el porcentaje promedio de las distancias entre pares de átomos que se preservan a esos cuatro umbrales.
Alignment Error
Dadas las estructuras A y B:
Alineo las estructuras en el residuo 1 y mido el error de alineamiento en el residuo 2 entre A y B, en el 3, en el 4 etc
Luego alineo las estructuras en el residuo 2 y mido el error de alineamiento en el residuo 1, 2, 3 etc
Cuanto más bajo es más confiable es.
AlphaFold
AlphaFold