1 of 27

Hà Nội, 4/2024

ỨNG DỤNG PCR ĐA MỒI LỒNG BẰNG HỆ THỐNG

FILM ARRAY TRONG CHẨN ĐOÁN CĂN NGUYÊN

NHIỄM TRÙNG ĐƯỜNG HÔ HẤP DƯỚI

TS. Lê Nguyễn Minh Hoa

Khoa Vi sinh- Sinh học phân tử

Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương

2 of 27

1

2

3

5

4

6

NỘI DUNG

3 of 27

1. ĐẶT VẤN ĐỀ

Nhiễm trùng hô hấp là bệnh lý thường gặp và tùy theo vị trí gây bệnh

Nhiễm trùng hô hấp có thể chia ra thành 2 loại là viêm đường hô hấp trên và đường hô hấp dưới.

Theo WHO, nguyên nhân gây tử vong nhiễm trùng hô hấp dưới đứng thứ 4 sau bệnh lý tim mạch, đột quỵ và bệnh phổi tắc nghẽn mãn tính

Sử dụng kỹ thuật PCR đa mồi bằng hệ thống Film Array được biết đến là một phương pháp hiện đại với hệ thống hóa chất sinh phẩm khép kín cho kết quả xét nghiệm đáng tin cậy trong việc chẩn đoán căn nguyên nhiễm trùng đường hô hấp dưới nhờ thời gian có kết quả nhanh và khả năng cung cấp thông tin gene kháng thuốc.

4 of 27

1. ĐẶT VẤN ĐỀ

Theo nghiên cứu của Ozlem Aydemir và cộng sự tại Bệnh viện ở Konya, Thổ Nhĩ Kỳ trên 197 người bệnh mắc bệnh nhiễm trùng hô hấp dưới (LRTI) từ 9/2012-3/2013, tỷ lệ phát hiện vi khuẩn bằng PCR Film Array là 63,4%, trong khi nuôi cấy thông thường tỷ lệ phát hiện sự có mặt của vi khuẩn là 31,5%.

Tại Việt Nam, việc sử dụng kỹ thuật PCR đa mồi lồng bằng hệ thống FilmArray trong chẩn đoán viêm đường hô hấp dưới còn hạn chế, chưa có nhiều nghiên cứu và báo cáo về việc đánh giá, phân tích tính đồng nhất của phương pháp PCR đa mồi bằng hệ thống FilmArray với phương pháp nuôi cấy thông thường trong chẩn đoán tác nhân gây bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới.

5 of 27

1. ĐẶT VẤN ĐỀ

Với ý nghĩa khoa học và thực tiễn nêu trên học viên tiến hành đề tài nghiên cứu: “Ứng dụng PCR đa mồi lồng bằng hệ thống Film Array trong chẩn đoán căn nguyên nhiễm trùng đường hô hấp dưới tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2020-2022”.

​

6 of 27

1. Xác định căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array ở người bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2020-2022.

2. So sánh kết quả chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array và kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn trên hệ thống Vitek 2 ở người bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2020 – 2022.

2. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU

7 of 27

3. TỔNG QUAN TÀI LIỆU- Khái niệm

8 of 27

3. TỔNG QUAN TÀI LIỆU- Căn nguyên gây nhiễm trùng hô hấp

9 of 27

01

Triệu chứng lâm sàng

Ưu điểm: dựa vào triệu chứng lâm sàng điển hình của bệnh lý LRTI.

Nhược điểm: Nhiều bệnh nhân không có triệu chứng điển hình.

02

Chụp X-Quang tim phổi

Ưu điểm: Xác định mức độ tổn thương phổi, đơn giản, dễ thực hiện

03

Phương pháp nuôi cấy phân lập

Ưu điểm: Độ nhạy, độ đặc hiệu cao, có thể phát hiện với 1 lượng nhỏ vi khuẩn

Nhược điểm: Phức tạp, máy móc đắt tiền, khó triển khai, thời gian trả kết quả kéo dài

04

Phương pháp khuếch đại gen (PCR đa mồi lồng)

Ưu điểm: Độ nhạy, độ đặc hiệu cao, Biết chính xác type gây bệnh

Nhược điểm: Thời gian trả kết ngắn, phức tạp, máy móc đắt tiền.

CÁC PHƯƠNG PHÁP CHẨN ĐOÁN LRTI

10 of 27

Phương pháp PCR đa mồi lồng bằng hệ thống Film Array

11 of 27

Phân tích kết quả, kết luận mục tiêu 1

MỤC TIÊU 1: THIẾT KẾ NGHIÊN CỨU

Mục tiêu 1: Xác định căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array ở người bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2020-2022.

4. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

12 of 27

Mục tiêu 2: So sánh kết quả chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array và kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn trên hệ thống Vitek 2 ở người bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2020 – 2022.

​

MỤC TIÊU 2: THIẾT KẾ NGHIÊN CỨU

4. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

13 of 27

4. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

14 of 27

Phân tích kết quả, kết luận mục tiêu 1

MỤC TIÊU 1: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Mục tiêu 1: Xác định căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array ở người bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2020-2022.

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

15 of 27

1. Các thông tin chung về đối tượng nghiên cứu: Tuổi, giới tính

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Nhóm tuổi

Số lượng

Tỷ lệ %

≤18 tuổi

10

5,1

19 - 30 tuổi

16

8,1

31 – 40 tuổi

21

10,7

41 – 50 tuổi

18

9,1

51 – 60 tuổi

35

17,5

>60 tuổi

97

49,2

Độ tuổi ( tuổi)

Trung vị, Thấp nhất, Cao nhất

Trung vị: 60 tuổi

Thấp nhất: 8 tuổi

Cao nhất: 92 tuổi

Theo giới tính

Số lượng

Tỷ lệ %

Tổng số

197

100

Nam

119

60,41

Nữ

78

39,59

16 of 27

2. Phân bố bệnh nhân theo chẩn đoán, nơi điều trị

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Đặc điểm

Số lượng

Tỷ lệ %

Viêm phổi, tác nhân không xác định

98

49,7

Viêm phổi do COVID-19

65

33,0

COVID-19

22

11,2

Khác

12

6,1

Tổng

197

100

Đặc điểm

Số lượng

Tỷ lệ %

Khoa Hồi sức tích cực

162

82,23

Khoa Cấp cứu

21

10,66

Khoa Nội tổng hợp

12

6,09

Khác

2

1,02

17 of 27

Căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array.

Mục tiêu 1: Xác định căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Loại bệnh phẩm

n

%

Đờm

31

15,7

Dịch hút nội khí quản

166

84,3

Tổng

197

100

Thời gian lấy bệnh phẩm tính từ lúc vào viện

n

%

< 3 ngày

144

73,0

3- 5 ngày

48

24,3

> 5 ngày

5

2,7

Tổng

197

100

Kết quả trên Film Array

n

%

Âm tính

 

64

32,5%

Dương tính

133

67,5%

Tổng

197

100%

18 of 27

Căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array.

Mục tiêu 1: Xác định căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Loại tác nhân gây bệnh

n

%

Vi khuẩn điển hình

123

62,4

Vi khuẩn không điển hình

1

0,34

Virus

6

3,05

Đồng nhiễm vi khuẩn- virus

9

4,57

Không phát hiện tác nhân

58

29,44

Tổng

197

100

Tên tác nhân gây bệnh ( Vi khuẩn)

n

%

Acinetobacter calcoaciticus baumannii complex

67

22,95

Klebsiella Pneumonia

54

18,49

Pseudomonas aeruginosa

50

17,12

Klebsiella aerogenes

29

9,93

Serratia marcescens

24

8,22

Staphylococcus aureus

22

7,53

Escherichia coli

17

5,82

Proteus spp

10

3,42

Haemophilus influenzae

9

3,08

Streptococcus pneumoniae

8

2,74

Legionella pneumophila

1

0,34

Moraxella catarrhalis

1

0,34

Tổng số lượt tác nhân phát hiện / tổng số mẫu Dương tính

292/133

100

19 of 27

Căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array.

Mục tiêu 1: Xác định căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

 

Đồng nhiễm vi khuẩn – virus

 

Âm tính

Điển hình

Không điển hình

Không nhiễm virus

58

123

1

Có nhiễm virus

6

9

0

Tổng

64

132

1

Tên tác nhân gây bệnh ( Virus)

n

%

Coronavirus

7

3,55

Human Rhinovirus /Enterovirus

3

1,52

Respiratory Syncytial Virus

1

0,51

Human Metapneumovirus

1

0,51

Influenza A

1

0,51

Parainfluenza virus

1

0,51

Adenovirus

1

0,51

Tổng số

15

7.61

20 of 27

Căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array.

Mục tiêu 1: Xác định căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Bán định lượng nồng độ vi khuẩn

Nồng độ Copie/mL

Tổng

Tác nhân gây bệnh

104

105

106

107

​

Acinetobacter calcoaceticus baumannii complex

16

10

8

33

67

Escherichia coli

6

3

0

4

17

Haemophilus influenzae

4

1

2

2

9

Klebsiella aerogenes

6

9

4

10

29

Klebsiella pneumoniae

16

12

10

16

54

Legionella pneumophila

1

0

0

0

1

Moraxella catarrhalis

0

0

0

1

1

Proteus spp

4

0

0

6

10

Pseudomonas aeruginosa

10

13

6

21

50

Serratia marcescens

2

4

4

14

24

Staphylococcus aureus

6

6

6

4

22

Streptococcus pneumoniae

1

2

1

4

8

Tổng số

72

60

41

115

292

Tỷ lệ (%)

24,66

20,55

14,04

39,38

100

Gen kháng kháng sinh trên mẫu dương tính

n

%

CTX-M

75

25.9

NDM

63

21.7

KPC

62

21.4

OXA-48 like

58

20.0

IPM

20

6.9

mecA/ and MREJ

6

2.1

VIM

6

2.1

Tổng

290

100

21 of 27

Mục tiêu 2: So sánh kết quả chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array và kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn trên hệ thống Vitek 2 ở người bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới tại Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương năm 2020 – 2022.

​

MỤC TIÊU 2: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

22 of 27

Mục tiêu 2: So sánh kết quả chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array và kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn trên hệ thống Vitek 2

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Tỷ lệ phát hiện căn nguyên gây bệnh

Phát hiện căn nguyên

Không phát hiện căn nguyên

n

%

n

%

Nuôi cấy trên hệ thống Vitek -2

65

33,0

132

67,0

PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array

133

67,5

64

32,5

Vi khuẩn thông thường

PCR đa mồi lồng

Nuôi cấy

 

n

%

n

%

Acinetobacter calcoaciticus baumannii complex

67

22,95

18

24,0

Klebsiella Pneumonia

54

18,49

14

18,7

Pseudomonas aeruginosa

50

17,12

22

29,3

Klebsiella aerogenes

29

9,93

1

1,3

Serratia marcescens

24

8,22

3

4,0

Staphylococcus aureus

22

7,53

10

13,3

Escherichia coli

17

5,82

-

-

Proteus spp

10

3,42

3

4,0

Haemophilus influenzae

9

3,08

2

2,7

Streptococcus pneumoniae

8

2,74

2

2,7

Legionella pneumophila

1

0,34

-

-

Moraxella catarrhalis

1

0,34

-

-

23 of 27

Mục tiêu 2: So sánh kết quả chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array và kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn trên hệ thống Vitek 2

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Kết quả xét nghiệm

Nuôi cấy

Film Array

1 tác nhân

56 (28,43%)

53 (28,42%)

2 tác nhân

9 (4,57%)

33 (16,75%)

3 tác nhân

0

21 (10,65%)

>3 tác nhân

0

26 (13,19%)

Tổng số

65 (33%)

133 (67,5%)

So sánh căn nguyên vi khuẩn bắt màu Gram

Film Array

Nuôi cấy

n

%

n

%

Vi khuẩn Gram (-)

262

89,73

63

84,0

Vi khuẩn Gram (+)

30

10,27

12

16,0

Tổng số lượt phát hiện

292

100

75

100

24 of 27

Mục tiêu 2: So sánh kết quả chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array và kỹ thuật nuôi cấy vi khuẩn trên hệ thống Vitek 2

5. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

 

Tên vi khuẩn

Nuôi cấy (+)

PCR đa mồi lồng trên Film Array (+)

Ac

Kp

Pa

Ka

Sa

Ac (n= 18)

18

67

0

0

0

0

Kp (n= 14)

14

0

54

0

0

0

Pa (n= 22)

22

0

0

50

0

0

Ka (n= 1)

1

0

0

0

29

0

Sa (n= 10)

10

0

0

0

0

22

Ac

Acinetobacter calcoaciticus baumannii complex

Kp

Klebsiella Pneumonia

Pa

Pseudomonas aeruginosa

Ka

Klebsiella aerogenes

Sa

Staphylococcus aureus

25 of 27

  • Căn nguyên gây bệnh đường hô hấp dưới bằng kỹ thuật PCR đa mồi lồng trên hệ thống Film Array:
  • PCR đa mồi lồng trên hệ thống Flim Array có khả năng phát hiện căn nguyên gây nhiễm trùng đường hô hấp dưới với tỷ lệ 67,5%.
  • PCR đa mồi lồng trên hệ thống Flim Array phát hiện được 292 lượt tác nhân gây bệnh trong tổng số 133 mẫu có kết quả dương tính.
  • Tác nhân gây bệnh do Acinetobacter calcoaciticus baumannii complex chiếm tỷ lệ cao nhất (22,95%), Klebsiella Pneumonia (18,49%), Pseudomonas aeruginosa (17,12%), Klebsiella aerogenes (9,93%), Legionella pneumophila là vi khuẩn không điển hình rất thấp (0,34%), virus (3,05%), đồng nhiễm vi khuẩn- virus ( 4,57%).
  • Bán định lượng được nồng độ vi khuẩn cho từng tác nhân, phát hiện được 290 lượt gene kháng kháng sinh.

​

6. KẾT LUẬN VÀ KHUYẾN NGHỊ

26 of 27

6. KẾT LUẬN VÀ KHUYẾN NGHỊ

27 of 27

XIN CHÂN THÀNH CẢM ƠN!