ハッカソン課題 5

使われなくなった生命情報科学

データベースを再評価せよ

Abandoned-Bioinfo-DB

消えた生命情報資源を発掘し、今の視点からその価値を再評価する

生命情報科学若手の会 2026 ハッカソン

背景

データベースを作ることと、

長期間維持することは別問題である

生命科学研究では、実験データや知識を蓄積・共有するために、�多くのWebベースのデータベースが構築されてきた。

​

しかし、更新が止まったもの、アクセスできなくなったもの、�別のデータベースに統合されたものなど、消えていくデータベースも数多く存在する。

構築

更新停止

アクセス困難

消滅・統合

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課題5：Abandoned-Bioinfo-DB

Attwood et al. (2015) — DBcat登録データベースの18年間追跡調査

326

調査対象となった

生命科学データベース

60%+

18年間で

消滅

14%

更新が止まった

archived状態

半数以上のバイオDBが、静かに姿を消していた

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課題5：Abandoned-Bioinfo-DB

存続を決めるのは、科学的価値だけではない

生き残ったデータベースの特徴

所

所属機関の主要な活動と密接に結びついている

資

継続的な資金・組織的支援を受けている

制

組織の制度・インフラとして位置づけられている

消えたデータベースの特徴

終

資金提供の終了

異

開発者・管理者の異動や離脱

統

組織の再編・閉鎖、他DBへの統合

「作った人・組織のライフサイクル」が、DBの寿命と重なっている

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課題5：Abandoned-Bioinfo-DB

2015年から、技術環境は大きく変わった

2015

2026

クラウド

基盤

API

知識

グラフ

機械学習

LLM

当時は維持・活用が難しかった資源も、今なら違う形で再構築できるかもしれない

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課題5：Abandoned-Bioinfo-DB

問い

この課題で考えてほしいこと

1

消えたデータベースと、生き残ったデータベースの違いは何か？

2

「dead」「archived」「rebranded」「integrated」をどう区別するべきか？

3

現在でも代替手段が存在しない情報資源はあるか？

4

「復活させる価値があるデータベース」をどう評価できるか？（スコア化）

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課題5：Abandoned-Bioinfo-DB

期待する成果物

失われた生命情報資源に、今だからこその価値を

DB

消えたデータベースのデータベース

分

データベース生存分析

★

復活させる価値のスコア指標

26

「2026年版」データベースの再構築提案

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課題5：Abandoned-Bioinfo-DB