Ferramentas em ciência colaborativa e bancos de dados abertos
Programa de Pós-graduação em Ecologia e Recursos Naturais
Informações gerais
2
CURSO
- Materiais do curso estarão disponíveis no website
- Dúvidas: a qualquer momento durante as aulas ou via email
- Interação é crucial!
ATIVIDADES E AVALIAÇÃO
Atividades síncronas
Assíncronas
Avaliação
email: cesarcordeiro@uenf.br || website: https://cammcordeiro.github.io/ciencia_colab/
Olá!
3
E vocês?
4
?
Exemplo:
Comunicação
5
0
Comunicação e Falha de comunicação
6
The fundamental problem of communication is that of reproducing at one point either exactly or approximately a message selected at another point.
7
Comunicação
“
Alguém lembra...
8
Teoria da Comunicação
9
Claude E. Shannon
Índice de diversidade de Shannon-Weaver ou Shannon-Wiener?
Teoria da Comunicação
10
Claude E. Shannon
Índice de diversidade de Shannon!
Shannon CE (1948) A Mathematical Theory of Communication. The Bell System Technical Journal, 27: 379–423.
Teoria da Comunicação
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Norbert Wiener
"Pai da cibernética"
Warren Weaver
"Pai da tradução automatizada"
One naturally wonders if the problem of translation could conceivably be treated as a problem in cryptography. When I look at an article in Russian, I say: 'This is really written in English, but it has been coded in some strange symbols. I will now proceed to decode.
— Warren Weaver, Letter to Norbert Wiener, March 4, 1947
Teoria da Comunicação
12
Norbert Wiener
"Pai da cibernética"
Warren Weaver
"Pai da tradução automatizada"
Shannon CE, Weaver W (1949) The Mathematical Theory of Communication. The University of Illinois Press, USA. 140p.
Teoria da Comunicação
13
Shannon CE (1948) A Mathematical Theory of Communication. The Bell System Technical Journal, 27: 379–423.
Teoria da Comunicação
14
Fonte
Destinatário
Mensagem
Teoria da Comunicação
15
Fonte
Destinatário
Canal
Transmissor
Receptor
Ruído
sinal
Mensagem
Mensagem
sinal
Teoria da Comunicação
16
Fonte
Destinatário
Canal
Transmissor
Receptor
Banco de dados
(Github, GBIF, zenodo, website etc)
Github, IPT etc.
dados
Git + Rmarkdown
Git + Rmarkdown
dados
Github, portais
Teoria da Comunicação
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Fonte
Destinatário
Canal
Transmissor
Receptor
Banco de dados
(Github, GBIF, zenodo, website etc)
Github, IPT etc.
dados
Git + Rmarkdown
Git + Rmarkdown
dados
Github, portais
Ruído
Teoria da Comunicação
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Ruído
Fonte
Destinatário
Mensagem
Controle de qualidade e de versão
Metadados
Reprodutibilidade
s.f. Qualidade de reprodutível, que se pode reproduzir; que se pode exibir ou mostrar novamente
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ORIGINAL
CÓPIA
CÓPIA
Repetibilidade
s.f. Capacidade de se obter resultados iguais quando aplicado repetidamente o mesmo processo
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ORIGINAL
CÓPI A
CÓ PIA
CÓPIA
Open Science e Open Data
Compartilhamento é comunicação
21
1
Open science
O que é?
Acesso amplo às informações de todo o processo científico: planejamento, dados, análises e publicações.
Objetivos
Transparência do processo científico
Possibilitar maior colaboração da comunidade científica
Aproximar ciência e sociedade
22
Open science
Abertos:
23
Alexandra Elbakyan
Open science
Transparência
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Open science
Colaboração
25
Open science
Aproximação
26
Open science
Histórico
Conceito recente
Conhecimento elitizado
Início na meteorologia e mercado financeiro
Global
(1999) UNESCO/ICSU Declaration on Science and the Use of Scientific Knowledge and the Science Agenda - Framework for Action
Brasil
11/11/2000
27
+5
Open data
O que é?
- dados analógicos e digitais, tanto brutos ou processados acompanhados de metadados
- tabelas de números, texto, imagem, som, protocolos etc
- uso, reuso e distribuição abertos mediante citação da fonte
Princípios
- disponibilidade em formato amigável
- formato lido por humanos e máquinas
- princípio de boa governança de dados (FAIR + circularidade)
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COVID-19
Desastre catalisador
29
COVID-19
30
COVID-19 Dashboard
Salehi et al. (2020). A synergetic R-Shiny portal for modeling and tracking of COVID-19 data, Front. Public Health, doi: 10.3389/fpubh.2020.623624.
COVID-19
31
Bancos de dados: histórico, conceitos e estrutura
Compartilhamento é comunicação
32
2
“Information is information; it is neither matter nor energy.”
33
Norbert Wiener
“
Histórico
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Escrita cuneiforme (3200 a.c.)
Sarawati (1500 a.c.)
Nabu (4000 a.c.)
Atena (1500 a.c.)
Histórico
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Biblioteca de Alexandria (300 a.c. a ~300 d.c.)
Biblioteca de Alexandria (atual)
Histórico
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Primeiros computadores (1970's)
Mídias
Histórico
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Grandes servidores - a nuvem
https://www.onenewspage.com.au/
Desafios de armazenamento
- diferentes tipos de informação
- leitura por máquinas e humanos
- tamanho
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Conceitos
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Sistema de organização e acesso | Informação | Exemplo de linguagem |
Relacional | Tabelas (linhas e colunas) | SQL (MySQL) |
Orientado a objeto | Objetos (tabelas ou funções) | C++, Python, 'R' |
Grafos | Dados e relacionamentos de objetos | RDF - Resource Description Framework |
NoSQL | Colunas, documentos, grafos | MongoDb, JSON |
Bancos relacionais
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Linhas
Colunas
Atributos
Princípios F.A.I.R. em dados abertos
Integração e reutilização de dados
41
3
F.A.I.R.
Findable (localizável)
Accessible (acessível)
Interoperable (interoperável)
Reusable (reutilizável)
42
F(indable)
Localizável
43
A(ccessible)
Acessível
44
I(teroperable)
Interoperável
45
R(eusable)
Reutilizável
46
Atividade 1
47
Atividade 1
48
Momento reflexivo
49
4
Albagli et al. (2014) Ciência Aberta: correntes interpretativas e tipos de ação.
Momento reflexivo
50
4
Leitura crítica
Reichman OJ, et al. 2011. Challenges and Opportunities of Open Data in Ecology. Science, 331: 703-705.
Kadakia KT, et al. 2021. Leveraging Open Science to Accelerate Research. The New England Journal of Medicine, e61:1-3.
Referências
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