Una poderosa combinación que genera investigación abierta interoperable

Egon Willighagen, Martina Kutmon, Marvin Martens, Denise Slenter

JOURNAL CLUB�Yessica Galicia P´érez

2022

Resumen

BridgeDb hace mapeos de identificadores, es decir hace coincidir los identificadores de la base de datos de acuerdo a la proteína y al metabolito.

BridgeDb se ocupa de esta interoperabilidad entre genes, proteínas, metabolitos y otras bases de datos, lo que permite una integración perfecta de muchas bases de conocimiento

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Contenido

Historial

Propuesta

Gestión de Datos

Sostenibilidad del Software

Propuesta de Proyecto

El proyecto busca mejorar la base de BridgeDb, para permitirnos ampliar el alcance en el futuro y mejorar el soporte de fuentes de datos importantes pero que actualmente no son compatibles.

Principales Objetivos

Actualización de herramientas

Para crear bases de datos de mapeos de ID desde Wikidata

Extender el soporte

Modernizar el proyecto

Actualizando la biblioteca y el sistema de compilación

Para crear bases de datos de mapeo de ID

Principios FAIR

Son un conjunto de principios rectores para hacer que los datos de investigación sean fáciles de encontrar, accesibles, interoperables y reutilizables

Resultados

Nueva versión del servicio web BridgeDb en vivo (webservice.bridgedb.org ), con soporte para los estándares de datos FAIR modernos, como identificadores compactos , Cita de datos , y el perfil de la comunidad HCLS de W3C para descripciones de conjuntos de datos.

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Las bases de datos de mapeo de ID existentes se actualizarán, utilizando las nuevas versiones de la biblioteca BridgeDb Java y se probarán en aplicaciones que utilizan la nueva versión de BridgeDb.

Biblioteca BridgeDb Java mejorada, utilizando el sistema de compilación estable Apache Maven con una mayor cobertura de prueba usando backend de MySQL y JavaDoc.

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Historial de Open Science

Dr. Egon Willighagen

El Dr. Egon Willighagen ha estado activo en Open Science durante más de 20 años. De 2016 a 2021, ha sido uno de los dos editores en jefe del Journal of Cheminformatics , que promueve la Ciencia Abierta en química. Willighagen ha brindado información desde la perspectiva de un investigador.

Gestión de Datos

Gracias al proyecto…

Licencia CCZero

Reutilización con WikiPathways, PathVisio y Cytoscape.

Datos

Archivación con Figshare y Zenodo

Principios FAIR

Acceso Gratuito

Sostenibilidad del Software

Licencias

Referencias

• Willighagen EL, Kutmon M, Martens M, Slenter D (2022) BridgeDb y Wikidata: una poderosa combinación que genera investigación abierta interoperable (BridgeDb). Ideas y resultados de investigación 8: e83031.https://doi.org/10.3897/rio.8.e83031
• Anónimo ( 2021 )Esquema de metadatos de DataCite. https://schema.datacite.org/
• Batchelor C , Brenninkmeijer CA , Chichester C , Davies M , Digles D , Dunlop I , Evelo C , Gaulton A , Goble C , Gray AG , Groth P , Harland L , Karapetyan K , Loizou A , Overington J , Pettifer S , Steele J , Stevens R , Tkachenko V , Waagmeester A , Williams A , Willighagen E ( 2014)Lentes científicas para admitir múltiples vistas sobre datos químicos vinculados.La Web Semántica – ISWC 201498-113. https://doi.org/10.1007/978-3-319-11964-9_7
• Comunidad HCLS ( 2015 )Descripciones de conjuntos de datos: Perfil de la comunidad HCLS.W3C. URL: http://www.w3.org/TR/2015/NOTE-hcls-dataset-20150514/

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GRACIAS!

Este presentEste presentación es producto del trabajo realizado por mi parte durante mi servicio social en el Laboratorio de Bioinformación de la Facultad de Ciencias, UNAM y gracias al equipo de Laboratorio.

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Elaborado por;Yessica Galicia Pérez.