Η κατάληψη της Κρήτης από τους Σαρακηνούς Άραβες το 823 φέρνει φοβερή αναστάτωση στο νησί. Αν και αναφέρεται στο πολύ μεταγενέστερο Χρονικό του Γεωργίου Φραντζή ότι η Κυδωνία ήταν μια από τις δυο πόλεις της Κρήτης που παρέμειναν ελεύθερες, η πληροφορία δεν επιβεβαιώνεται από άλλη πηγή. Αντιθέτως από το Βίο του Οσίου Νικολάου του Στουδίτη, ο οποίος γράφτηκε λίγα χρόνια μετά την απελευθέρωση της Κρήτης, προκύπτουν ορισμένα χρήσιμα στοιχεία για την Κυδωνία.
�
Το 824 μ.Χ, οι Σαρακηνοί Άραβες, με αρχηγό τονΑμπού Χαφς, προερχόμενοι από την Αίγυπτο αλλά με αρχική προέλευση από την Κόρδοβα της Ισπανίας, κατάφεραν να κατακτήσουν την Κρήτη καταστρέφοντας την πρωτεύουσα Γόρτυνα και χτίζοντας μια νέα στη θέση του σημερινού Ηρακλείου. Η περίοδος της Αραβοκρατίας σημαδεύτηκε από συνεχείς πειρατικές επιδρομές και το νησί είχε μετατραπεί σε μεγάλο σκλαβοπάζαρο της Ανατολής. Η πόλη Κάντια, το σημερινό Ηράκλειο, οχυρώθηκε και περιστοιχίστηκε από βαθιά τάφρο (τη βάφτισαν El Khandak) για να αποτελέσει την πρωτεύουσα του ανεξάρτητου αραβικού κράτους της Κρήτης αλλά και ένα απόρθητο ορμητήριο πειρατείας.
Ο Νικόλαος γεννήθηκε στην Κυδωνία το 793 και έφυγε από την πατρίδα του σε ηλικία 10 ετών για την Κωνσταντινούπολη, όπου έγινε μοναχός και τελικά ηγούμενος της περίφημης Μονής Στουδίου. Ο Νικόλαος υπήρξε γνωστός γραφέας χειρογράφων στο περίφημο εργαστήριο της Μονής. Ο βιογράφος του Οσίου Νικολάου μας πληροφορεί τα παρακάτω για την πατρίδα του: «Η πόλη του ονομαζόταν Κυδωνία και είχε την πηγή των αγαθών ανεξάντλητη, ανάλογη με τη δόξα του ονόματος της», επειδή «ποτιζόταν από παντού με καθαρά νερά και παρήγε σιτάρι και κρασί και διάφορους καρπούς».
�
Εξόριστος πια για τους εικονόφιλους αγώνες του, δέχεται την επίσκεψη του αδελφού του Τίτου, ο οποίος του περιγράφει «με πολλά δάκρυα» την «πολύπαθη τραγωδία» της πατρίδας τους και «τις σφαγές που έγιναν από τους άγριους χοίρους, τους άθεους Ισμαηλίτες».
�
Οι Άραβες της Κρήτης ήταν μάλλον θρησκευτικά αδιάφοροι, και η μανία με την οποία λαφυραγωγούσαν τα μοναστικά ιδρύματα του όρους Λάτρος και των νησιών, οφείλονταν όχι τόσο σε θρησκευτικό μένος αλλά στις πληροφορίες που υπήρχαν, για τους θησαυρούς που είχαν συγκεντρώσει οι μοναχοί. Οι Ανδαλουσιανοί Άραβες που κατέλαβαν την Κρήτη, όπως παρατηρείται από μελετητές, ήταν κυρίως αστοί που έφυγαν απ' την Κόρδοβα. Ασχολούνταν κυρίως με το εμπόριο και εργάζονταν ως ειδικευμένοι τεχνίτες. Το ότι έγιναν γρήγορα ικανοί ναυτικοί, φαίνεται ότι τους επιβλήθηκε από τις καταστάσεις. Οι Ανδαλουσιανοί λοιπόν δεν εγκαταστάθηκαν στην Κρήτη ως αγρότες. Ίδρυσαν ένα κράτος που βρισκόταν σε συνεχή πολεμική ετοιμότητα. Γι' αυτό το λόγο το ενδιαφέρον τους θα στράφηκε κύρια προς τη θάλασσα, από την οποία θα αποκόμιζαν τα εισοδήματά τους.
Καθ' όλη τη διάρκεια της Αραβοκρατίας το Βυζάντιο προσπάθησε επανειλημμένως να ανακτήσει την Κρήτη, όπως το 826 μ.Χ, όταν ο στρατηγός Καρτερός κατάφερε να προκαλέσει σοβαρές απώλειες στους Άραβες. Ωστόσο η Αραβοκρατία κράτησε μέχρι το 961 μ.Χ. Το 961 μ.Χ. ο Νικηφόρος Φωκάς ξεκίνησε με πολυάριθμα στρατεύματα για την απελευθέρωση του νησιού. Η πολιορκία κράτησε 9 μήνες και ήταν πολύ σκληρή, ώσπου οι Βυζαντινοί έσκαψαν τούνελ κάτω από τα τείχη και τα ανατίναξαν. Το αποτέλεσμα ήταν να καταρρεύσουν δύο πύργοι και το μεσοπύργιό τους. Οι θησαυροί που υπήρχαν στάλθηκαν στο Βυζάντιο ενώ μερικοί υπάρχουν στο Αγ. Όρος.
�
Από την περίοδο της Αραβοκρατίας δεν έχουν, προς το παρόν, εντοπιστεί κάποιες αρχαιολογικές ενδείξεις στην περιοχή της Κυδωνίας, γεγονός που ενισχύει την άποψη κάποιων ιστορικών ότι η αραβική κυριαρχία περιορίστηκε στα όρια του νομού Ηρακλείου και σε ορισμένα χωριά της βόρειας Κρήτης.
H εργασία πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο των μαθημάτων Τοπική Ιστορίας
από τη μαθήτρια Κωνσταντίνα Τσιτσιριδάκη Γ4