Análises Ecológicas no R: um livro para ‘eRRar’ mais na Ecologia

Biofórum - Unicamp

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apresentação

Universidade Estadual Paulista - Unesp

Maurício Humberto Vancine

É ótimo estar de volta ao Biofórum…

Tópicos

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• Linguagem e linguagem de programação (5 min.)
• Linguagem R (5 min.)
• Aplicações da linguagem R para a Ecologia (10 min.)
• Livro “Análises Ecológicas no R” (15 min.)
• Conversa (15 min.)

O que é uma linguagem?

A chegada (Arrival) (2016)

Linguagem de programação

Linguagem de programação

Interpretada Compilada (.exe)

Linguagem R

Amplamente difundida…

Definição

www.r-project.org

R é uma linguagem de programação livre (open source), direcionada à manipulação, análise e visualização de dados, com diversas extensões (pacotes) para análises específicas

Histórico - Linguagem R

Giorgi et al. (2022)

John M. Chambers

(Stanford University, EUA)

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Versões

Old S (1976-1987)

New S (1988-1997)

S4 (1998)

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IDE (Integrated Development Environment)

Interface: S-PLUS (1988-2008)

Histórico - Linguagem R

Robert Gentleman

Ross Ihaka

(Auckland University, NZ)

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Versões

Desenvolvimento (1997-2000)

Versão 1 (2000-2004)

Versão 2 (2004-2013)

Versão 3 (2013-2020)

Versão 4 (2020-atual)

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IDE (Integrated Development Environment)

Interface: RStudio (2011-atual)

Atualmente: R Core Team

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Giorgi et al. (2022)

RStudio

Ismay & Kim (2020)

IDE

Ambiente de Desenvolvimento Integrado (Integrated Development Environment)

RStudio - Interface

Ismay & Kim (2020)

RStudio - Interface - Detalhes

cheatsheet - RStudio

Aplicações gerais

Giorgi et al. (2022)

Manipulação, visualização e análise de dados

• Estatísticas univariadas e multivariadas
• Análises de dados ecológicos
• Análise de dados espaciais, temporais e sonoros
• Análise de dados funcionais, genéticos e filogenéticos
• Análise de dados geoespaciais e sensoriamento remoto
• Visualização de todos os tipos de dados anteriores

R Markdown e quarto

• Textos em HTML, PDF, Word, ODT, Markdown
• Slides, Websites, Blogs, Livros e Artigos
• Shiny

Aplicações da linguagem R para Ecologia

Popularidade na Ecologia

Lai et al. (2019)

• >60,000 artigos publicados em 30 revistas de Ecologia entre 2008 e 2017
• Aumento linear de 11.4% em 2008 para 58.0% em 2017 no número de artigos que usaram o R
• 10 pacotes: lme4, vegan, nlme, ape, MuMIn, MASS, mgcv, ade4, multcomp e car
• A popularidade do R promoveu a reprodutibilidade por meio do compartilhamento de códigos
• Apesar de outras linguagens serem utilizadas, o R é um componente significativo das análises em ecologia

Popularidade na Ecologia

Lai et al. (2019)

E o que o R pode fazer?

Manuseio de dados

Visualização de dados

Silva et al. (2022)

Análise de dados - Estatística univariada

Silva et al. (2022)

Análise de dados - Estatística multivariada

Silva et al. (2022)

Análise de dados - Machine Learning

Pichler & Hartig (2023)

Análise de dados - Ecologia

Silva et al. (2022)

Sites, textos, livros, apresentações…

https://quarto.org, https://mauriciovancine.github.io

Sites, textos, livros, apresentações…

https://quarto.org, https://analises-ecologicas.com

Análises Ecológicas no R

Análises Ecológicas no R (2022)

analises-ecologicas.com

Análises Ecológicas no R (2022)

Objetivos

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1. Ampliar o acesso a ferramentas de análise de dados em Ecologia
2. Abordagem focada em situações-problema (hipóteses e testes estatísticos)
3. Material base em português
4. Direcionado a estudantes e pesquisadores com poucas oportunidades em universidades fora dos grandes centros de pesquisa (Sul, Sudeste, Goiás, etc.)

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Análises Ecológicas no R (2022)

Gratuito!

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1. Linguagem R

2. tidyverse

3. Visualização de dados (ggplot2)

4. Perguntas em ecologia

5. Análises univariadas (LM e GLM)

6. Análises multivariadas (K-Means, PCA, RDA)

7. Análises de diversidade (riqueza, rarefação, taxonômica, funcional e filogenética)

8. Análises geoespaciais (SIG e mapas)

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Análises Ecológicas no R (2022)

Autores

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Fernando Rodrigues da Silva

UFSCAR-Sorocaba

Thiago Gonçalves-Souza

Universidade de Michigan

Diogo Borges Provete

UFMS

Gustavo Brant Paterno

Universidade de Gottingen

Maurício Humberto Vancine

Unesp-Rio Claro

Tadeu de Siqueira Barros

University of Canterbury

(Prefácio)

Ulysses P. de Albuquerque

UFPE

(Editor)

Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 1 Introdução

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• Histórico do livro
• Objetivo do livro
• O que você não encontrará neste livro
• Por que usar o R?
• Indo além da linguagem de programação para a Ecologia
• Como usar este livro
• Como ensinar e aprender com esse livro
• Livros que recomendamos para aprofundamento teórico

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 2 Voltando ao básico: como dominar a arte de fazer perguntas cientificamente relevantes

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 3 Pré-requisitos

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 4 Introdução ao R

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 5 Tidyverse

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 6 Visualização de dados

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 7 Modelos lineares

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 8 Modelos Lineares Generalizados

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 9 Análises Multidimensionais

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 10 Rarefação

Capítulo 1 Introdução

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 11 Estimadores de riqueza

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 12 Diversidade Taxonômica

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 13 Diversidade Filogenética

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 14 Diversidade Funcional

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Análises Ecológicas no R (2022)

Capítulo 15 Dados geoespaciais

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Live de lançamento do livro

https://www.youtube.com/live/jYrneB95nes?si=OXtc_mbWWov8A5DE

Workshop de Análises Ecológicas no R

Recife (PE) (dezembro de 2024)

Bora olhar este livro e depois conversar um pouco sobre R e estatística…

Muito obrigado gente!

Maurício Vancine

mauricio.vancine@gmail.com

mauriciovancine.github.io

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FAPESP #2022/01899-6