8 khoa
- Khoa Bào chế - Công nghệ dược phẩm
- Khoa Công nghệ Hóa dược
- Khoa Công nghệ Sinh học
- Khoa Dược lý - Dược lâm sàng
- Khoa Dược liệu - Dược học cổ truyền
- Khoa Hóa phân tích và Kiểm nghiệm thuốc
- Khoa Quản lý kinh tế dược
- Khoa Khoa học cơ bản
8 Phòng
- Phòng Tổ chức - Hành chính
- Phòng Quản lý Đào tạo
- Phòng Khoa học công nghệ - Hợp tác phát triển
- Phòng Tài chính kế toán
- Phòng Cơ sở vật chất - Vật tư trang thiết bị
- Phòng Công tác học viên, sinh viên - Y tế
- Phòng Đảm bảo chất lượng - Khảo thí
- Trung tâm thông tin - Thư viện
Và các đơn vị:
Trung tâm DI&ADR Quốc gia
Viện Công nghệ Dược phẩm Quốc gia