OMICS : Utilisation des banques de données
__Qui sommes-nous ?__

Génomique, transcriptomique, métagénomique, protéomique, les nouvelles technologies permettent la génération massive de données. Leur analyse consiste le plus souvent en une comparaison entre les données qui viennent d'être produites et celles préexistantes.

Actuellement, il existe de nombreuses banques de données plus ou moins spécialisées en fonction des domaines (Genbank, EMBL, DDBJ, PBD…). Pour les biologistes et les bioinformaticiens, l'enjeu est de conserver ces bases de données à jour avec les dernières versions de génomes, transcriptomes, ou encore annotations disponibles. Cette première étape en vue de l'analyse peut rapidement devenir coûteuse en terme de temps mais également au niveau ressource humaine.

Pour simplifier ces opérations, nous avons développé BioMAJ. BioMAJ est un outil libre dédié à la gestion de bases de données (synchronisation mais également post process). Le worklow automatise et supervise les mises à jour, il permet également la transformation des données (selon des processus choisis par l'utilisateur). Il est actuellement utilisé par de nombreuses plate-formes.


__Pourquoi ce questionnaire ?__

Actuellement, la production de données est de plus en plus massive, BioMAJ a l'ambition de s'adapter aux nouveaux usages des banques de données. En effet, faire des analyses sur l'ensemble de GenBank ou de la PDB n'est plus forcément d'actualité, aussi nous avons besoin de vous pour savoir quels sont vos nouveaux besoins en termes d'analyse de données.

Merci pour votre participation !

Informations utilisateurs
Êtes-vous :
En tant que :
Quel est votre domaine d'activité ?
A propos des données...
Sur quel type de données travaillez-vous préférentiellement ?
Sur quel(s) type(s) de machine travaillez-vous ?
La taille des données est-elle un souci pour vous ?
Qui analyse vos données ?
L'évolution technologique des appareillages scientifiques induit-elle une obsolescence des données antérieurement produites (lors de vos analyses) ?
Si oui, merci de préciser :
Your answer
Banques de données (GenBank, DDBJ, EMBL, GO, CheBI, KEGG, etc. )
De quelle manière utilisez-vous les banques de données ?
Comment récupérez-vous vos banques de données ?
Qui gère vos banques de données ?
Travaillez-vous sur :
Avez-vous besoin d'informations sur l'origine des données ?
Les banques de données vous suffisent-elles telles quelles ou faites-vous des transformations pour les utiliser ?
Quelles formes de banques de données conservez-vous ?
Quel est le plus important pour vous : une version de référence fixe (par exemple : GRCh38 du génome humain) ou bien la dernière version de la banque ?
Quels types de traitement effectuez-vous sur vos banques de données ? Quels traitements sont indispensables selon vous pour l'utilisation de votre référence ? (par exemple pour un génome : une indexation pour un alignement, une annotation etc)
Lorsque vous utilisez une banque (par exemple GenBank), travaillez-vous sur :
Si vous travaillez sur des sous-ensembles, lesquels vous intéressent ? (famille de gène, organisme, ...)
Your answer
Comment les extrayez-vous ? (Quel(s) outil(s) ?)
Your answer
D'un point de vue technique, comment utilisez-vous vos banques de données ? Est-ce que toutes les étapes du traitement sont automatisées ? Est-ce que certaines étapes sont faites à la main ?
Your answer
Comment évaluez-vous la qualité/fiabilité d'une banque de données ?
Your answer
Seriez-vous intéressé(e) par un outil capable d'extraire des sous-ensembles de banques de données ?
Croisez-vous les données de différentes banques ? par exemple : données d'annotation (GO terms) avec des banques de données
Si oui, les données de quelles banques ?
Your answer
Pensez-vous qu'un traitement automatisé soit pertinent dans l'usage que vous faites des banques de données ?
Les RDF
Seriez-vous interessé(e) par de l'intégration d'information provenant de différentes bases de données ? (type plate-forme RDF de l'EMBL ou encore NCBI2RDF : avec possibilité d'interroger des documents de plusieurs formats)
Sous quelle forme préféreriez-vous les résultats d'une telle intégration ?
Connaissez-vous l'interface RDF de l'EMBL ?
Connaissez-vous des outils comme NCBI2RDF ? AskOmics ?
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