Participation au Club de Cytométrie Computationnelle
Mises à jour
17-04-24 : Merci aux 19 personnes qui ont répondu au sondage à ce jour. N'hésitez pas à diffuser le formulaire le plus largement possible.
17-06-01 : Merci aux 17 nouvelles réponses, soit 36 au total. Un bilan provisoire est disponible sur le Wiki du CCC à https://groupes.renater.fr/wiki/ccc.
Introduction
Objet du 3C :
● Regrouper les bio-informaticiens et biologistes intéressés dans l’analyse des données de cytométrie
● Évaluer collaborativement les méthodologies d'analyse en coordonnant les tests à l'échelle nationale
● Partager avec la communauté les résultats de ces tests : avantages et limites de chaque approche, adéquation à un type d'étude
● Créer une communauté d’utilisateurs avisés via des sessions régulières de formation

Objectifs du questionnaire :
● Recenser les questions scientifiques
● Recenser les jeux de données disponibles
● Recenser les sites intéressés
● Recenser les biologistes et les bio-informaticiens prêts à partager leur connaissance et leur effort dans ce travail communautaire

Merci de prendre quelques minutes pour remplir ce questionnaire qui permettra de cibler au mieux les questions de la communauté et d'orienter les tests méthodologiques.

A. Cosma, S. Granjeaud, H. Luche
Contact : ccc arobase groupes.renater.fr

Étapes typiques des méthodes d'analyse
L’analyse de fichiers FCS se divise généralement en 2 phases. La première phase consiste à rassembler les cellules en populations, c’est à dire à grouper entre elles les cellules ayant un profil similaire d’intensité de marquage et relativement différent d’un autre groupe. Pour chacun de ces groupes, le profil d’intensité identifie un type cellulaire et permet de lui attribuer un nom. Pour chacun, on peut alors calculer le pourcentage de cellules qu’il représente au sein des cellules viables et extraire la MFI de canaux n’ayant pas participé à la détermination des groupes.
La seconde phase consiste à analyser les informations extraites sur les groupes. C’est une analyse de données qui met en jeu des techniques “classiques” multi-paramétriques. Elle consiste à identifier des groupes ayant une différence de pourcentage ou de MFI en relation avec la question biologique. Une phase préalable est souvent nécessaire. Elle consiste à rassembler des groupes qui ne devrait former qu’une seule entité du point de vue de l’expert.
Ce découpage en 2 phases principales est appliquée dans la plupart des méthodes. Cependant certaines méthodes à l’instar de Citrus ne s’intéressent qu’à identifier les groupements de cellules qui montrent une différence sur les informations extraites en relation avec la question biologique. Ce type de méthode sans détection de populations ne permettra pas de décrire des populations présentes dans un échantillon ou d'en contrôler la qualité en fonction la présence de populations caractéristiques.
La question scientifique posée
Si vous avez plusieurs types de questions scientifiques, merci de remplir plusieurs fois le questionnaire.
Question biologique typique
Variabilité inter-individus de l'organisme étudié
Quel type d'analyse souhaiteriez-vous appliquer en routine ?
Required
Avez-vous déjà utilisé/testé des méthodes sur cette question ?
Les caractéristiques d'une étude typique pour cette question
Nombre d'échantillons d'une étude
Nombre de marqueurs par population (ou panel)
Nombre de populations par échantillon
Ratio de pourcentage entre la population la plus représentée et la moins représentée (après élimination des débris, cellules mortes…)
Vous
Un mail pour vous contacter
Your answer
Votre site / plate-forme / laboratoire
Your answer
Quelle est la thématique de votre site / plate-forme ?
Required
Votre participation
Avez-vous une étude représentative bien caractérisée à proposer à la communauté pour des tests ainsi qu'un peu de temps pour valider les résultats des méthodes qui lui seront appliquées ?
Souhaitez-vous appliquer des méthodes publiées sur des études sélectionnées par le club afin de partager le travail de test ?
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