O NAPNE é um órgão deliberativo, de assessoramento e acompanhamento das ações no âmbito da Educação Inclusiva. Encontra-se ligado diretamente à Pró-Reitoria de Ensino e, em cada campus, à Diretoria de Desenvolvimento Educacional, Diretoria de Ensino ou setor correlato, de acordo com o organograma de cada campus.