1. สถาบันเกษตราธิการ
2. กองเกษตรสารนิเทศ
3. กองการเจ้าหน้าที่
4. สำนักกฎหมาย
5. สำนักตรวจสอบภายใน
6. สำนักพัฒนาระบบบริหาร
7. สำนักตรวจราชการ
8. ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
9. สำนักการเกษตรต่างประเทศ
10. สำนักบริหารกองทุนเพื่อช่วยเหลือเกษตรกรและรับเรื่องร้องเรียน
11. กองบริหารกองทุนสงเคราะห์เกษตรกร
12. สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการส่งเสริมและพัฒนาระบบเกษตรพันธะสัญญา
13. ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต
14. กองประสานงานโครงการพระราชดำริ
15. สำนักแผนงานและโครงการพิเศษ
16. กองนโยบายเทคโนโลยีเพื่อการเกษตรและเกษตรกรรมยั่งยืน
17. กองคลัง
18. กองกลาง