No momento da chegada espanhola, o Império Inca enfrentava uma guerra civil entre os irmãos Atahualpa e Huáscar, o que enfraqueceu a unidade do império e facilitou a invasão.
Em 1532, Pizarro capturou Atahualpa na cidade de Cajamarca. Mesmo após receber um enorme resgate em ouro e prata, os espanhóis o executaram. Pouco depois, as forças espanholas tomaram Cuzco, completando a conquista do império.
Os espanhóis impuseram seu domínio político, religioso e econômico, criando o Vice-Reino do Peru, subordinado à Coroa da Espanha e controlado por um vice-rei. A exploração da mão de obra indígena foi organizada principalmente por meio dos
sistemas de Mita e Encomienda, que obrigavam os nativos a trabalhar nas minas e plantações.