AEMMA nació de la mano de un grupo de jóvenes que perseguían construir un organismo de apoyo para nosotros, los estudiantes, a través del cual pudiéramos formarnos en el plano más humanístico de la medicina, generar conciencia sobre los problemas de nuestro alrededor e informar y educar en medicina a nuestro entorno como modo de prevención médica. De este modo, AEMMA se divide en varios grupos de trabajo, cada uno centrado en cumplir un objetivo distinto:
-SCORP, grupo temático de Derechos Humanos, Refugiados y Paz.
-SCOME, grupo temático de Educación Médica.
-SCOPH, grupo temático de Salud Pública.
-SCORSA, grupo temático de Salud Reproductiva, Sexualidad y SIDA.
-SCONE, SCOPE y SCORE, grupos temáticos sobre intercambios.
AEMMA, de manera conjunta con el resto de asociaciones de estudiantes de medicina de otras facultades de España, forma parte de la organización IFMSA-Spain (Federación Internacional de Asociaciones de Estudiantes de Medicina - España) que, a su vez, se encuentra englobada en IFMSA (International Federation of Medical Students' Associations), una organización internacional fundada en 1951 que representa a alrededor de 1'3 millones de estudiantes de 127 países. IFMSA está afiliada a la ONU y se ve reconocida como el único foro internacional de estudiantes de Medicina. Además, mantiene relaciones oficiales con la Organización Mundial de la Salud desde 1969 y ostenta un nivel “C” en la UNESCO, entre otras muchas afiliaciones.
AEMMA tiene convenio con la Universidad de Málaga, de la cual recibe un gran apoyo.