香港神託會靈基營前身為沙田警署，約在1924年建成。日佔時期，該建築物曾被日軍用作指揮中心。該址於1950年被基督教門諾會互助促進社用作預防肺病託兒所，收容當時家人患有肺病而未受感染的兒童。面對社會上的兒童遺棄問題，一名基督教女宣教士於1953年租用該址開辦孤兒院，名為沙田育嬰所。於1964年，該址再改作為沙田靈基學校，為當區兒童提供教育服務。1980年，該址開始為本地及海外人士提供營地及退修服務。