Interessados em prestigiar a quarta edição do curso favor preencher o formulário. Os slides da primeira edição do curso se encontram disponíveis em:

http://systemsbiology.biowebdb.org/?p=1156

e da terceira edição em:

http://systemsbiology.biowebdb.org/2014/07/30/curso-stingraygalaxy-0714/

Data do curso: Segunda 22 de setembro de 2014, das 9 às 17hs

Local: Sala A9, Pav Leonidas Deane, IOC, FIOCRUZ (Rio de Janeiro)

Número de vagas: 30 (25 para Fiocruz, 5 para alunos externos à Fiocruz)

Deadline para inscrição: Segunda 25 de agosto de 2014

Se houver mais candidatos do que vagas, será feita uma seleção. Os laboratórios da Fiocruz cujos integrantes não tenham ainda recebido treinamento serão priorizados. Quem já tiver dados do sequenciador 454 ou HiSEQ gerados terá prioridade na seleção.

* Os alunos selecionados precisam trazer seus laptops, pois NÃO haverá PC/laptops disponíveis para este curso. Será usada a rede WiFi do IOC para se conectar ao Stingray@Galaxy e as demais ferramentas disponíveis.
** Não haverá recursos para financiar os alunos selecionados que venham de fora da cidade do Rio de Janeiro
*** Requisitos: conhecimentos básicos de bioinformática e análise de seqüências

Referência:

STINGRAY: system for integrated genomic resources and analysis
http://www.biomedcentral.com/1756-0500/7/132

EMENTA:

1 – Introdução
Histórico da ferramenta Stingray
Introdução aos conceitos de pipeline e workflow
Introdução a ferramenta Galaxy
2 – Stingray@Galaxy
Como acessar
O ambiente (Interface e suas separações, ferramentas com suas localizações)
Desenho do Workflow
Execução do Workflow
Aquisição de dados
Administração do History
3 – Uso pelos laboratórios
Criação de grupos, regras (roles) do laboratório (Admin e users)
Criação dos usuários
Permissões
Quota por usuário
4 – Inserção dos dados NGS e pre-processamento
5 – Prática
Importando Flowgram (454) e FastQ (Illumina)
Execução de ferramentas para tratamento de dados (454 e Illumina) – QC, SFF extract
Execução do Workflow de montagem (MIRA e Velvet)