# Hedenfalk et al. (2001) の乳がんに関する遺伝子データ

# 3,170個の2標本t検定のp値

data(hedenfalk,package="qvalue")

p <- hedenfalk[order(hedenfalk)] # p値を並べ替え

 

# 調整なし

q1 <- p.adjust(p,method="none")

# FWERに基づく調整

q2 <- p.adjust(p,method="holm")

q3 <- p.adjust(p,method="hochberg")

q4 <- p.adjust(p,method="hommel")

q5 <- p.adjust(p,method="bonferroni")

# FDRに基づく調整

q6 <- p.adjust(p,method="BH")

q7 <- p.adjust(p,method="BY")

q8 <- p.adjust(p,method="fdr") # BHと同じ

 

q <- data.frame(q1,q2,q3,q4,q5,q6,q7,q8)

method.name <- c("none","holm","hochberg","hommel","bonferroni","BH","BY","fdr")

names(q) <- method.name

 

# 各調整法の比較

matplot(q,type="l",lty=1,col=rainbow(8),

main="FWERとFDRに基づくp値の調整",ylab="調整済みp値",xlab="p-valueの順位")

legend("bottomright",legend=method.name,lty=1,col=rainbow(8))

# qvalueパッケージを用いた方法

library(qvalue)

data(hedenfalk)

res <- qvalue(hedenfalk)

qsummary(res)

qplot(res)

qwrite(q,file="c:/qvalue.txt")