Published using Google Docs
Практикум по биоинформатике 2.0
Updated automatically every 5 minutes

Практикум по биоинформатике 2.0

Преподаватели:

Михаил Райко, ЦАБ СПбГУ;

Анна Рыбина (ассистент), Сколковский институт науки и технологий;

Владимир Шитов (моральная поддержка), Munich School for Data Science / TUM

Описание курса и план занятий

Курс состоит из нескольких практических заданий, которые выполняются в смешанных группах. Задания будут основаны на реальных данных, и посвящены различным аспектам биоинформатики (в основном анализ данных NGS).

Темы проектов второго семестра:

  1. Человеческая генетика, аннотация SNP, ассоциации
  2. РНК-секвенирование и дифференциальная экспрессия генов
  3. Метагеномика (ампликонная и shotgun)
  4. Иммуногеномика, RepSeq
  5. Протеомика

Итоги обучения

В рамках курса студенты научатся:

  1. Использовать различные биоинформатические инструменты для решения конкретных биологических задач
  2. Выбирать подходящие тулы под задачи, задавать осмысленные вопросы и тестировать гипотезы.
  3. Писать связные осмысленные тексты, что было сделано и зачем

Требования к ПО

Все проекты подразумевают запуск тулов, поэтому потребуется доступ к компьютерам с Linux. Данные будут не очень большие, мощности среднего ноутбука должно хватить.

Аттестация

По каждому проекту надо написать отчёт. Отчёт представляет собой мини-статью, на 1-2 страницы, с введением, методами, результатами и т.п.


За каждый отчёт можно получить максимум 10 баллов. Можно добрать 2 дополнительных балла за “лабораторный журнал”.  Один проект с минимальным числом баллов будет отброшен. Ещё один дополнительный балл, если отчёт написан на английском.

Для зачёта нужно получить к концу семестра не менее 70% от максимального количества баллов.

Аттестация

По каждому проекту надо написать отчёт. Отчёт представляет собой мини-статью, на 1-2 страницы, с введением, методами, результатами и т.п.


За каждый отчёт можно получить максимум 10 баллов. Можно добрать 2 дополнительных балла за “лабораторный журнал”.  Один проект с минимальным числом баллов будет отброшен. Ещё 1 дополнительный балл, если отчёт написан на английском.

Для зачёта нужно получить к концу семестра не менее 70% от максимального количества баллов.