Материалы для подготовки к летней школе по биоинформатике

Информатикам        

I. Глоссарий основных биологических терминов        

II. Вводные лекции и статьи        

III. Rosalind: онлайн-задачник по биоинформатике:        

Биологам        

I. Глоссарий основных биоинформатических терминов        

II. Программирование        

III. Linux        

IV. Документы-подсказки:        

И биологам, и информатикам        

I. Статистика и язык R        

II. Вводные статьи по биоинформатике в целом и по исследованиям рака        

III. Машинное обучение и Deep Learning        

Дополнительно        

I. Материалы прошлых летних школ        

III. Серия коротких видео о PanCancer Atlas        

IV. Онлайн-курс «Основы программирования на R»        

Рекомендации от участников        

I. Типы данных в R и принципы работы с ними (глава книги на русском языке)        

II. Функции в R (обзор на русском языке)        

Информатикам

I. Глоссарий основных биологических терминов

II. Вводные лекции и статьи

  1. Важнейшие методы молекулярной биологии и генной инженерии. Статья на биомолекуле об основных методах, используемых в настоящее время.
  2. Курс по молекулярной биологии, прочитанный для студентов МФТИ Михаилом Скобловым.
  3. История исследования ДНК и белковых структур: от французской революции до современной биоинформатики. Две вводные лекции от Алексея Шпильмана. Объясняются самые-самые основы биологии, нужные информатикам.
  4. «Просто о сложном: что нужно знать о биоинформатике». В статье кратко даны основы биоинформатики и представлены примеры разработки биоинформатических программ.
  5. Интересные лекции по введению в биоинформатику с прошлых летних школ о том, что такое биоинформатика и для чего она нужна. Первая —  от Аллы Лапидус, вторая — от Александра Предеуса.
  6. Биоинформатика как наука (Михаил Гельфанд). Один из основоположников биоинформатики в России рассказывает в интервью о том, кто такие биоинформатики и чем они занимаются. На «ПостНауке» можно найти также и другие интересные и довольно простые материалы Михаила Гельфанда.

III. Rosalind: онлайн-задачник по биоинформатике:

Задачи под кодовыми названиями DNA, RNA, Revc, GC, Prot, Subs и Hamm и далее по желанию.

Биологам

I. Глоссарий основных биоинформатических терминов

II. Программирование

  1. Rosalind: онлайн-задачник по биоинформатике. Python Village, а также задачи под кодовыми названиями DNA, RNA и Revc и далее по желанию.
  2. Онлайн-курс по основам Python. 

III. Linux

Полезные базовые уроки из онлайн-курса «Введение в Linux»:

  1. Общая информация о курсе
  2. Как установить Linux
  3. Осваиваем Linux
  4. Terminal, основы
  5. Запуск исполняемых файлов

IV. Документы-подсказки:

  1. Шпаргалка по Python 2
  2. Шпаргалка по Python 3
  3. Инструкция по работе с системой контроля версий Git
  4. 10 команд Linux для начинающих
  5. Справочник команд Linux
  6. Шпаргалка по Python

И биологам, и информатикам

I. Статистика и язык R

Полезные базовые уроки из онлайн-курса «Основы статистики»:

  1. Общая информация
  2. Генеральная совокупность и выборка
  3. Типы переменных
  4. Меры центральной тенденции
  5. Меры изменчивости

 Язык R:

  1. http://tryr.codeschool.com — краткое введение в R
  2. https://stepik.org/129 — курс по анализу данных в R от Института биоинформатики, который полезно пройти полностью.

II. Вводные статьи по биоинформатике

Статьи на Биомолекуле:

  1. «12 методов в картинках: «сухая» биология» — очень подробная статья о методах, применяемых в биоинформатике в настоящее время
  2. «Омикс-биомаркеры и ранняя диагностика: когда счастье возможно» - о биомаркерах в диагностике рака
  3. «Невыдуманная басня о слоне, ките и раке: как гиганты животного мира защищаются от онкологических заболеваний» — о риске онкологических заболеваний у различных организмов.

Институт биоинформатики:

  1. Сборник ссылок на публикации на сайте Института биоинформатики
  2. Зачем изучать биоинформатику

III. Машинное обучение и Deep Learning

Две вводные лекции по введению машинное обучение и Deep Learning от Григория Сапунова, прочитанные на летней школе 2017 года.

Дополнительно

I. Материалы прошлых летних школ

  1. Материалы летней школы по биоинформатике (2018)
  2. Материалы летней школы по биоинформатике, описание лекций (2017)
  3. Материалы летней школы по биоинформатике, описание лекций (2016)
  4. Материалы летней школы по биоинформатике, описание лекций (2015)
  5. Материалы летней школы по биоинформатике, описание лекций (2014)
  6. Материалы летней школы по биоинформатике, описание лекций (2013)

II. Онлайн-курсы Института биоинформатики

III. Онлайн-курс «Основы программирования на R»

Рекомендации от участников

I. Типы данных в R и принципы работы с ними (глава книги на русском языке)

II. Функции в R (обзор на русском языке)