Journées IMABIO Groupe de Microscopie végétale Jeudi 19 et vendredi 20 mars 2026, Angers
Plateau d’Imagerie Cellulaire (IMAC) de la SFR Qualité et Santé du Végétal (QUASAV) Angers, Bât. Campus du Végétal, INRAE, 42 rue Georges Morel, 49071 Beaucouzé Contacts: david.macherel@univ-angers & aurelia.rolland@univ-angers.fr
Organisation
David Macherel & Aurélia Rolland (Plateau IMAC-QUASAV)
David Rousseau (IRHS-IMORPHEN)
Hélène Javot (IMABIO // CEA BIAM Marseille)
Jérôme Mutterer (IMABIO // IBMP Strasbourg)
Plantes et stress environnemental
L’étude des mécanismes d’adaptation des plantes au changement climatique constitue un enjeu majeur de la recherche en biologie végétale. L’exploitation des sondes et des rapporteurs fluorescents constitue un outil formidable pour des approches in vivo en biologie cellulaire et en microscopie. Cependant, étudier en direct l’impact des stress environnementaux sur du matériel végétal (plantes, tissus…) en microscopie reste difficile, notamment en ce qui concerne la température. Dans ce contexte, nous souhaitons que ces journées soient l’occasion d’échanges sur les approches développées sur ce thème dans divers laboratoires.
Aspects logistiques
Le bâtiment est facilement accessible en tramway depuis la gare et le centre-ville (proches), avec un choix d’hôtels proposé par les plateformes de marchés. Pour les personnes en voiture qui préféreraient loger à proximité du laboratoire, il y a des hôtels en bordure des rocades à Beaucouzé. Vous pouvez aussi laisser votre voiture sur le centre INRAe et loger en centre-ville. Nous prévoyons de fournir des tickets de Tramway pour faciliter vos déplacements.
L’effectif de ces journées est limité à 36 participants au maximum
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Programme jeudi 19 mars
13h-14h Accueil des participants
14h-14h20 Présentation du plateau IMAC et organisation des journées Aurélia ROLLAND, SFR QUASAV, Plateau IMAC, Université d’Angers
https://www.sfrquasav-angers.org/plateaux-techniques/imac-imagerie-cellulaire
14h20-14h40 Imagerie et IA pour le suivi des interactions plantes pathogènes David ROUSSEAU, ImHorPhen, IRHS UMR INRAe, PHENOME EMPHASIS, Angers, France
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https://irhs.angers-nantes.hub.inrae.fr/recherche/imagerie-pour-l-horticulture-et-le phenotypage
Ce talk offrira un panorama des principales techniques d’imagerie utilisées pour étudier les interactions entre plantes et pathogènes, en montrant leurs apports respectifs pour l’observation et la quantification des processus biologiques. Nous présenterons ensuite comment les méthodes d’intelligence artificielle complètent ces approches en automatisant l’analyse, en améliorant la détection des signaux et en révélant des dynamiques difficiles à percevoir autrement. L’ensemble permettra d’illustrer comment la combinaison imagerie + IA ouvre de nouvelles perspectives pour le phénotypage et la compréhension des mécanismes d’infection.
14h40-15h Étude de la réponse des cellules du méristème apical caulinaire de tomate au stress thermique
Norbert BOLLIER, INRAE Bordeaux-Aquitaine
Le méristème apical caulinaire (SAM), essentiel à la croissance aérienne, est fortement exposé au stress thermique mais les conséquences cellulaires restent encore mal décrites. En combinant l’imagerie confocale en temps réel de méristèmes isolés soumis au stress et l’observation de coupes de méristèmes fixés, nous avons mis en évidence une succession d’événements cellulaires, notamment l’arrêt de la réplication de l'ADN et le démantèlement du cytosquelette, révélant certains mécanismes cellulaires à l’origine de l’impact du stress thermique sur la croissance.
15h-15h20 Imaging plant–microbe communication under environmental stress with next-generation fluorescent biosensors
Mayuri SADOINE, Université de Lyon
Plants continuously interact with a diverse range of microorganisms, and the “cry for help” hypothesis proposes a cross-kingdom dialogue between plants and beneficial microbes in the rhizosphere. However, communication at the plant–microbe interface remains poorly understood, partly because increasing biological complexity often comes at the expense of molecular resolution. Most classical approaches struggle to capture molecular processes in complex living systems with high spatial and temporal precision. Here, we present an approach that overcomes this limitation by combining next-generation fluorescent biosensors, advanced microfluidic systems, and high resolution live-cell imaging. This integrative project provide a unique way to investigation the molecular dialogues happening at the plant–microbe interface. We apply an “funnel” strategy that progresses from exploratory analyses to the identification of candidate effectors using omics approaches. Finally, the function of these candidates is validated using genome-editing technologies.
15h20-15h40 Ubiquitination driven SRF3 nano-organization fine tunes iron bioavailability and defense responses upon bacterial elicitation.
Matthieu PLATRE, Institute for Plant Sciences of Montpellier
15h40-16h Araphen, un modèle expérimental bien adapté pour la biologie cellulaire et l’impact des stress abiotiques
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David MACHEREL, SMS-IRHS, Plateau IMAC, Université d’Angers
Nous présenterons un système simple pour étudier l’impact des stress abiotiques chez Arabidopsis. Les plantules sont cultivées sous agitation dans des plaques multi-puits contenant de l’eau minérale d’Evian. Le développement s’arrête au stade cotylédon en raison de la carence minérale, mais les plantules restent parfaitement fonctionnelles et viables plusieurs semaines. Il s’agit d’un matériel homogène pour étudier la tolérance au stress sans interférence avec le développement, et qui s’avère idéal pour la microscopie en raison de l’absence d’air dans les tissus. Un système de contrôle précis de la température au microscope sera également présenté.
15h40-16h Session flash posters (1-2 slides, 1-2 min selon nombre de posters) 16h15-17h30 Session posters, ateliers préparatoires, visite
o Axioscan 7 (Zeiss) - Chargement des lames apportées par les participants et programmation des analyses.
o Préparation rapide de protoplastes d’Arabidopsis (4 personnes)
David Macherel, IMAC
Nous effectuerons une « mini-prep » de protoplastes à partir de jeunes feuilles d’Arabidopsis de lignées transgéniques (protéines fluorescentes). Cette méthode simplifiée permet de disposer rapidement de matériel pour l’observation microscopique ou d’autres applications. Les protoplastes pourront être utilisés pour les ateliers du lendemain.
o Visite du système Phenogrid (Plate-forme Phenotic) (6 personnes) David ROUSSEAU, IRHS ImHorPhen
Le système PHENOGRID, développé à l’IRHS par l’équipe ImHorPhen, est une installation d’imagerie automatisée dédiée au phénotypage des plantes en conditions contrôlées. Il permet de suivre la croissance des plantes grâce à des prises de vue régulières via des systèmes à base de nano ordinateurs à bas coût. Les images acquises sont utilisées pour mesurer de façon précise des caractères morphologiques et analyser les réponses des plantes à différents contextes génétiques ou environnementaux.
20h Dîner convivial au restaurant (centre-ville)
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Programme vendredi 20 mars
8h15 Accueil
8h30-10h Ateliers (première session)
10h-10h30 Pause-café
10h30-12h Ateliers (seconde session)
12h-12h20 Bilan
12h20-13h45 Panier picnic, sur place, ou à emporter
Chaque participant pourra s’inscrire à deux ateliers, en fonction des places disponibles…
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Atelier 1 – Stress thermique au microscope confocal
David Macherel, IMAC
Capacité 4 personnes
Nous observerons l’impact direct des températures élevées sur des protoplastes et/ou plantules d’Arabidopsis avec différents marquages subcellulaires (mitochondrie, actine, ER…) sur un microscope confocal Nikon AX NSPARC.
Atelier 2 – Mesures de densités stomatiques de plantes d’intérêt agronomique Fabien MIART (MIAtecs) & Aurélia Rolland
Capacité 4 personnes
Comparaison de l’utilisation du système STOMmini (MIAtecs) et de l’Axiozoom Zeiss pour la mesure de densité stomatique. Utilisation d’outils d’IA pour l’analyse d’image. Les participants sont invités à apporter leur modèle pour tester le système. (Ne fonctionne pas avec Arabidopsis thaliana)
Atelier 3 – Observations au microscope électronique à balayage (MEB) Pierre Forestier, France Scientifique & Fabienne Simonneau (IMAC)
Capacité 6 personnes
Nous réaliserons des observations de matériel végétal frais (ayant subi ou non un stress), et après congélation rapide, sur un MEB de table Pro G6 Phenom. Des analyses élémentaires (EDS) seront possibles. N’hésitez pas à nous contacter si vous souhaitez apporter des échantillons.
Atelier 4 – Démonstration Enderscope/ EnderNIRS
Jérome Mutterer (IBMP Strasbourg) & Sirin Gharbi (IRHS-IMORPHEN)
Capacité 6 personnes
Cet atelier proposera une démonstration de l'Enderscope, une imprimante 3D détournée en système d'imagerie adapté pour les plantes. Les participants découvriront les principes de fonctionnement de cet outils open source et open hardware, ses performances en conditions expérimentales réelles, ainsi que des applications potentielles pour le suivi non invasif de caractéristiques biologiques (imagerie time lapse RGB, NIRS, fluorescence, ...). L’objectif est d’offrir une prise en main concrète et illustrée de cette technologie émergente et adaptative en imagerie végétale.
Atelier 5 - Analyse d’image : démonstration Intellisis et IA open source Ingénieur application (Zeiss), Oumaima Karia & David Rousseau (IMORPHEN) Capacité 8 personnes
Des images acquises lors du workshop avec l’Axioscan (Zeiss) seront exploitées avec deux types de solutions faisant appel à l’IA : Intellisis et Ilastik.
Atelier 6 – Visite de la plateforme PHENOTIC - Installations robotisées de phénotypage Tristan Boureau (UMR IRHS-Emersys & PHENOTIC)
Capacité 6 personnes
Visite des installations de phénotypage à haut-débit de la plate-forme PHENOTIC https://phenotic.hub.inrae.fr/
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