西暦4198年、人類は絶滅した。その後アンドロイドたちが暮らしていた地球へ、5012年にエイリアンが襲来する。エイリアンによって生産された機械生命体と、人類の遺したアンドロイドによる戦争は数千年に及び、11932年アンドロイドによるヨルハ計画が開始された。
過去の戦闘で地球は地軸がずれており、常に太陽が登っている日照地域「昼の国」と、非日照地域「夜の国」と呼ばれるエリアに大別されており、ゲーム本編の舞台は昼の国である日本の関東近郊。特に昼の国では戦線が後退し、アンドロイドの戦意も低下していた（昼の国では竜騎兵を運用できないことが理由として挙げられている）。
舞台に点在する人工構造物は、人類再生を願うアンドロイドの手によって再構築されたものであり、風化・機械生命体による破壊を受けながらも保存が続けられている。
11945年の第243次降下作戦が開始する場面からゲームがはじまる。
地球襲来後の5024年、夜の国に属する南北米大陸を制圧。同時期に機械生命体の量産を開始した。11306年、驚異的な速度で進化を遂げた機械生命体の反逆により絶滅。
「敵を倒す」という行動原理を持ち、敵を倒すには敵が必要であるという観点から、アンドロイドを絶滅させない程度の攻撃を続けてきた。個体同士は独自のネットワークで接続されており、情報の共有を行っている。ネットワークの成長過程で、旧型量子サーバに残っていた人類（ゲシュタルト計画の中枢人物とされているが詳細は不明）の記憶情報をコアとして取り込み、ネットワーク上に概念人格を形成した。
エイリアン絶滅後は自発的にネットワークを外れて行動する個体も現れた。例：平和主義を掲げるパスカル、独立王国「森の国」等。
無骨なデザインではあるが高度な技術によって製造されている。
機械生命体の集合からアダムが生み出され、ヨルハ部隊との交戦で傷付いたアダムの肉体からイヴが生み出された。アダムが人類に対して異常な執着心を見せる一方で、イヴはアダムを盲信しており、2体の行動原理は大きく異なる。
機械生命体のネットワークを半分ずつ支配しており、ヨルハ部隊では敵ネットワーク基幹ユニットと位置付けられている。アダムがヨルハ部隊に討たれた後は、怒りにまかせたイヴの暴走に伴い機械生命体の攻撃力も上昇した。
特定の人類の記憶情報を元に、機械生命体のネットワーク上に形成された概念人格。人類軍による呼称はN2。
当初の目的は、塔から砲弾を打ち上げて月面の人類サーバーを破壊し、アンドロイドたちの拠り所を奪うことだった。しかし、アンドロイドやアダム・イブの生き方を見て存在することの意味を思考し、計画を変更。新世界を目指し、機械生命体達の記憶（選択肢によっては9Sの記憶も含まれる）を封じ込めた方舟を打ち上げた。
人類はゲシュタルト計画の管理者としてアンドロイドを製造した。アンドロイドの基本的な行動理念は、人口減少を食い止め人類再生を図ること。しかし、ゲシュタルト計画の失敗により3000年代に人類滅亡が決定的になって以降、人類再生を模索するも解決策を見つけられないまま、4198年に最後の人類が死亡。遺されたアンドロイドは、人類の遺伝子・肉体構造情報を月面基地に保管した。人類絶滅は一部のアンドロイドのみが知る極秘事項とされたが、情報漏洩により次第に広く知れ渡る結果となり、アンドロイドの士気は低下していった。
エイリアン襲来翌年の5013年、世界各地のアンドロイド部隊を統合した人類軍を結成し、戦闘型アンドロイドを増産する。個体はそれぞれ「アネモネ」「ジャッカス」等の固有の名前を持つ。基本的には人類に対して忠誠心を持ったAI設計がなされているが、一部のアンドロイドは独立者として4500年代にオーストラリアに独立国家を築いた。
対機械生命体の決戦兵器として開発中のヨルハ機体を、「人類は月面に待避して生き延びている」というブラフとして利用し、人類滅亡の噂を知った人類軍の士気を向上させる計画。次世代モデルへの移行が決まった段階で、ヨルハ機体は証拠隠滅の為に全て破棄される予定だった。発案者は、ヨルハ機体開発を担当したアンドロイドのジニア。英語表記はYoRHa、漢字表記は寄葉。
人類軍の士気向上の為にヨルハ機体をブラフとして利用する計画がジニアによって1週間で立案されたが、真相が公になった場合のリスクが高すぎるとしてジニア自身により破棄された。その後、自らが敵由来の技術で製造されたことを知った九号が自己正当化の為にジニアを殺害した上で強行。この時点で九号により、一連の計画が「ヨルハ計画」と名付けられた。
九号はヨルハ計画を強行する際、戦意喪失したアンドロイド部隊へ「生き延びていた人類」という神の存在と、後ろ暗い出自を持つヨルハ機体へ「人類のための殉教者」という名誉を与えるため、ジニアの考案した計画に手を加えた。「バンカーに仕掛けたバックドアは一定期間が過ぎると開放され、ヨルハ部隊はバックドアから侵入した機械生命体に壊滅させられる」という筋書きは、九号によって付け加えられた設定である。
「人類は月面に待避して生き延びている」という偽装の一環として、ジニアにより考案された架空の組織。人類が月から発信しているものと偽装されているが、実際は人類情報を保存している月面無人基地のサーバーを流用しているにすぎない。音声はジニア。
10Hとポッド006により保守管理が行わている。
起動衛生上の第六基地「ラボ」で開発された戦闘用機体。開発者は人類軍技術開発主任のジニア。
製造にあたって機械生命体の良質なコアを大量に必要とするため運用コストが高く、多くても数百基程度しか実戦配備できないことが設計段階において懸案されていた。
最終的に破棄される予定だったため、人道的見地から通常のAIを搭載することは許されず、機械生命体のコアを流用したブラックボックスが使用されている。同じ理由により、ヨルハ機体の服装は喪服で統一され、ヨルハ部隊の基地であるバンカーはゲーム中では白黒で描かれた。敵由来の技術を用いて開発されており、裏切る可能性を考慮して人類を愛する思考がより強力に組み込まれている。情報漏洩対策として、無人の月面基地工場で製造されている。ブラックボックスの構造は植物細胞に似ている。
通常のAIが搭載されていないことから、従来のアンドロイドとは区別して扱われる。ブラックボックスを搭載しているなどアンドロイドとは構造が違うため、非ヨルハ部隊であるアンドロイドでは応急処置以上のメンテナンスは不可能。また、正統なアンドロイドとして扱われないため、運用時にも個体名（ジニア・ジャッカス・アネモネ等）は持たず記号で呼称されることになっている。
データを定期的にバンカーにバックアップすることが義務付けられている。戦闘時に死亡した場合は、バンカーのバックアップから新たな義体にデータを移行することで、人格及び記憶情報を引き継いだまま運用を継続できる。
人類が絶滅していること、ヨルハ機体が最終的に破棄される予定であること、ブラックボックスが機械生命体に由来することは、ヨルハ機体には知らされていない。
機械生命体との戦闘を目的として製造されており、戦闘中の電磁パルスが恋愛感情のそれと似通っていることがアンドロイドから報告されている。
運用方法によって数種類のモデルに分かれている。理由は「汎用性を持たせるより、特化運用した方がより効率的であるため」とされているが、実際には「人類のように個性を持たせたい」というジニアの意図が反映されている。機体名の数字はベースの人格モデルを、アルファベットは運用モデルを表す。
刀や槍などを用いた物理攻撃の他、ハッキングによる攻撃も可能。物理攻撃に用いる武器には、僅かではあるが記憶情報を残すことができる。
人類と同様に自然に頭髪が伸び、戦闘中は放熱のために衣服が熱くなる。軽微な損傷はナノマシンが修復するためメンテナンスは不要。目に当てている布や口に当てている布は、それぞれゴーグルとマイクの役目を果たしているが、デザインの意図は「真実を見ない／見れない」「真実を言わない／言えない」という存在であることの暗喩。
アジを食べると死亡する。
アンドロイドの司令官によって運用されている対機械生命体の戦闘部隊。衛星軌道上の13番目の基地「バンカー」を拠点とし、地上に展開するレジスタンスのアンドロイドと共同で機械生命体との戦闘を行う。
支援要請を聞き入れられなかったプロトタイプA2が脱走した過去から、感情を持つことは規則で禁止されているものの、思考や表現方法は個体によって多種多様であり、規則が形骸化しつつある様子が見受けられる。
ヨルハ部隊は司令部に申し立てを行い許諾を得ることで、運用モデルの変更が可能。
ベースモデル：ジニア自らが直接開発した、人格モデルのベースになっている最初期の世代。
プロトタイプ：実戦データを得る為に試験的に真珠湾降下作戦に投入された世代。体内に自爆用の爆弾が仕込まれており、生命活動停止後に爆発する。
量産型：ヨルハ部隊として現在運用されている世代。ヨルハ計画に基づき無人工場で製造されている。
A型-アタッカー：バーサークモードを搭載した近接戦闘特化型。プロトタイプでのみ運用。
B型-バトラー：A型からバーサークモードを削りG型と統合した、汎用性のある戦闘型。
D型-ディフェンダー：防御特化型。
E型-エグゼキューショナー：情報漏洩を防ぐために廃棄された義体の回収・廃棄を行う他、
ヨルハ計画の真相に至る可能性がある機体や脱走者の処分も行う型。
G型-ガンナー：遠距離攻撃特化型。プロトタイプでのみ運用。
H型-ヒーラー：ヨルハ機体のメンテナンスを行う型。
O型-オペレーター：バンカーから後方支援を行う型。
S型-スキャナー：情報収集に特化した型。
二号：九号の暴走当時、大気圏突入試験のために宇宙空間で待機していてたまたま難を逃れ、暴走した九号を止めるために殺害した。
四号：九号暴走によりラボ内で殺害された。
九号：ブラックボックスが機械生命体由来であることを知り、自身の存在意義が揺らぎ暴走。ジニアと他のベースモデルを殺害し、手を加えたヨルハ計画を強行。暴走を止めようとした二号によって殺害された。
二十一号：九号暴走によりラボ内で殺害された。
A1：初代隊長。敵機に撃墜され死亡。
A2：平凡で特徴がなく大人しく優しい性格設定。真珠湾降下作戦唯一の生き残り。A1撃墜後は隊長を努めた。真珠湾降下作戦に投入されたヨルハ機は実戦データを得るために使い捨てられる計画だったことを知り、仲間の遺志を継いで作戦完了後に脱走。機密漏洩防止のため、バンカーから破壊命令が出されている。脱走後は単独で機械生命体を倒し続けていた。論理ウイルスに感染した2Bに依頼され、2Bを殺害。9Sとは別ルートで塔最上階へ辿り着き、塔崩壊と共に死亡。
G16：粗野で反抗的な性格設定だったが、通常兵器が利かない大型機械生命体へ自爆エネルギーで攻撃。死亡。
S21：冷徹な性格設定。機械生命体の論理ウイルスに感染し、死亡。
A4：明るく陽気な性格設定。A2を庇い自爆。死亡。
1D：第243次降下作戦隊長。降下時に撃墜。
2B：第243次降下作戦で地上に到達できた唯一の機体。本当は9Sの監視・処分を行う2E。論理ウイルスに感染し死に場所を求めていた途中でA2に出会い、死亡。塔崩壊後、ポッドの処置により再起動に成功した。
4B：降下時に撃墜。その後、大規模侵攻作戦にてアルファ部隊隊長を務める。
7E：降下時に撃墜。
11B：降下時に撃墜されたと装い脱走する計画を立てていた。しかし、降下時に実際に撃墜されてしまい死亡。死亡するまでに遺したメモから、ヨルハ部隊へ不信感を抱いていたことが伺える。
12H：降下時に撃墜。
5O：技術開発担当。
6O：2Bのオペレーター。明るい性格で地上への憧れを持っている。
7B：バンカー内の自室で寝ている。大規模侵攻作戦にてデルタ部隊隊長を務める。
3S：バンカー内のサーバー管理担当。
16D：11Bの脱走計画を伝えた場合は11Bの後輩、伝えなかった場合は恋人の設定になる。
21O：9Sのオペレーター。家族に対する憧れを持っている。大規模侵攻作戦時、司令部にB型への転向を願い出て受理された。
801S：メンテナンス屋。
3B：大規模侵攻作戦にてシータ部隊隊長を務める。
4S：バンカー陥落後も森の城で機械生命体の情報収集を行っている。
8B：脱走した部隊の隊長としてバンカーから処分命令が出ている。2Bと9Sに処分された時、所持していた四〇式戦術槍をドロップする。その後、大規模侵攻作戦にてオメガ部隊隊長を務め、自力で担当エリアを制圧した。
9S：地上での単独行動が多く、E型の存在を知らなかった。何度もヨルハ計画の真相に肉薄し、そのたびに2Bに処刑され記憶が初期化されてきた過去を持つ。2Bを殺害したA2に異常な執着心を持つ。塔崩壊と共に死亡。その後、ポッドと2Bの処置により再起動に成功した。
21B：元21O。地上降下後に論理ウイルスに感染し、A2に討たれた。
32S：死亡した後の義体を、家族が欲しいというアンドロイドに引き取られた。
22B：8B率いる脱走部隊の1人。
64B：8B率いる脱走部隊の1人。
128B：人類防衛新聞にテロリストへ加担して逮捕された旨の記載がある。
10H：月面無人基地サーバーの保守管理担当。月に人類がいないことを隠すため、「任務地は海底にある人類会議のバックアップサーバーである」と思い込ませられている。
65E：人類防衛新聞にグラビティーボールのチームリーダーとして掲載されている。
24D：モーニング☆レターを放送するボクっ娘アイドル。
42S：北部14C防衛本部の広報担当。本部を襲撃され外部に救助要請を行なった記録が、8Bの所持していた四〇式戦術槍に残っている。
ヨルハ部隊の支援随行ユニット。アンドロイドに製造され、ポッド同士はネットワークで接続され情報を共有しており、番号が若いほど人類に近い知性を持っているが、自我や感情は無い。作戦行動時の維持管理を主な任務とし、担当ヨルハ機体がバンカーへ不正アクセスを行った場合にはE型への通報も担当している。その他にヨルハ計画の進行管理任務も行い、バンカー崩壊後は地上に残存しているヨルハ機体を全て処分することでヨルハ計画を終わらせる予定だった。
10Hと共に人類会議サーバの管理を担当している。10Hが施設外に出て「自分が保守管理をしているのは海底のバックアップサーバーではなく月面の人類会議サーバーそのものであり、人類が月面で生き延びているという発表は嘘だった」という真実を理解するたび、10Hを処分・初期化してきた。
2Bに随行するポッド。2B死亡後はA2に随行した。パーソナルデータの原型及び音声はジニア。塔崩壊後に全ヨルハ機体のブラックボックス信号停止を確認したあと自我を獲得し、「私はこの結末を容認できない」としてデータの削除を拒否。2B・9S・A2のデータサルベージを行い、153と共に各地から集めたパーツで義体を再生させた。
9Sに随行するポッド。先行して自我を獲得した042に対して懐疑的な姿勢を取っていたが、9Sを再起動させるため2Bが奮闘している間に感情を獲得したことが伺える。9Sの再起動を待つ間にアジ殲滅を試みるなど、過保護と揶揄されるような行動が目立つ。
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ゲシュタルト計画まとめ（google doc)