Cara Menggunakan Aplikasi "Avogadro"


Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul yang bisa dikatakan  canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux BlankOn. Aplikasii ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait.

Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini.

Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa. Untuk memulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

Screenshot from 2012-12-29 19_24_38

Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool Setting, kemudian pada kolom Element kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.

aaa

Screenshot from 2012-12-29 20_20_42

Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan meng-klik atom tersebut.

Screenshot from 2012-12-29 20_21_31

Buat 6 buah atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut

Screenshot from 2012-12-29 19_50_45 :

Selanjutnya pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar berikut :

Screenshot from 2012-12-29 19_52_17

selanjutnya pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut :

Screenshot from 2012-12-29 19_53_36

Dan selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari atom karbon, oksigen dan hidrogen.

Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masing-masing toolbar sebagai berikut :

A   fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar

B fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

C fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal

D fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas

E fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai dengan garis arah mouse

F fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

G fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

x fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa arah

sekian penjelasan singkat saya mengenai aplikasi kimia Avogadro yang dijalankan pada sistem operasi linux blankOn.