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1 | Name | Project | What will be helpful | |||||||||||||||||||||||
2 | Mone't | Simulating how epoxies cure using MD simulations | Use MPI to do domain decomposition on box | |||||||||||||||||||||||
3 | David | MD simulation of Amyloid Beta | Distributed, independent simulations | |||||||||||||||||||||||
4 | Valerie | Ionization as affected by high intensity lasers | MD code uses C++ and OpenMP; need to write Python scripts | |||||||||||||||||||||||
5 | Justus | Scaling Sub-surface Fluid Flow Simulation | Use MPI processes to handle independent calculations | |||||||||||||||||||||||
6 | Karen | Creating remote sensing and image registration | Existing code uses hybrid; understanding architecture will help make code more available | |||||||||||||||||||||||
7 | Qihua | Plant Hormones Triggering Parasite Growth | Can parallelize different paths the proteins take | |||||||||||||||||||||||
8 | Xiaodan | Finite Element Analysis of Breaking Waves and Tsunamis | Poisson demo is very similar; project involves PDEs; can take advantage of distributed and hybrid | |||||||||||||||||||||||
9 | Benjamin | Crystal growth of germanium quantum dots | MPI to divide set up dots, OpenMP to figure out if atoms are worth calculating and calculate bond energy | |||||||||||||||||||||||
10 | Tyler | Electron density calculations using DFT and FMO to elucide catalytic activity of protein | Use MPI to simulation individual fragments of protein | |||||||||||||||||||||||
11 | Sumegha | Quantum Mechanical studies of catalysts in metals | Parallelization for own versions of code | |||||||||||||||||||||||
12 | Jaime | Molecular interactions between polymers | Use MPI to split up big jobs, OpenMP to handle individual interactions | |||||||||||||||||||||||
13 | Mark | Optimizing AutoDock Vina with Docker | Parallelization for speedup | |||||||||||||||||||||||
14 | Koutian (Leo) | Graphing electron band structure within metals | Using parallelization to do many samples of a domain - finishing implementing MPI | |||||||||||||||||||||||
15 | Caleb | Brain-state modeling from EEG data | Parallelization to speed up machine learning algorithms to optimize for architecture | |||||||||||||||||||||||
16 | Nicholas | Optimizing Genetic Algorithm | Using MPI for python; finding best way to divide up work | |||||||||||||||||||||||
17 | Wen Rui | Making floating point BLAS routines reproduceable | MPI | |||||||||||||||||||||||
18 | Caroline | Mesoscale model for tornado outbreaks | Poisson demo applies; using MPI to gather information from many different simulations | |||||||||||||||||||||||
19 | Drew | Light absorption properties of molecules | Scaling simulations and analysis using batch processing w/ hybrid MPI+OpenMP | |||||||||||||||||||||||
20 | Maxwell | Optimizing AutoDock Vina with Docker | Understanding communication overhead and communication vs computation | |||||||||||||||||||||||
21 | Ernie | Post-Processing DNS to identify patterns of turbulence | Big simulation grid could make use of MPI and hybrid | |||||||||||||||||||||||
22 | Adrian | Fourier Transforms in Spherical Coordinates | Being able to distribute massive amounts of data and do mathematical calculations in parallel | |||||||||||||||||||||||
23 | Gage | Scaling Sub-surface Fluid Flow Simulation | Distribute components using MPI, calculate two properties using OpenMP; scatter data | |||||||||||||||||||||||
24 | Amy | FIRE simulations (cosmological) - adding stars to dark matter | Understanding communication to determine whether to use MPI or OpenMP | |||||||||||||||||||||||
25 | Ananth | Simulating neural networks in the brain | MPI+OpenMP to parallelize numerical methods | |||||||||||||||||||||||
26 | Xavier | A "Google doc" for visualization with VR capabilities over a server | Distributing calculations across servers; parallelize data reading and visualization; OpenMP to do individual tasks | |||||||||||||||||||||||
27 | Andrew | Finite Element Analysis for brain scans | Use MPI to more effeciently calculate at points in a mesh | |||||||||||||||||||||||
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