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1 | List Last updated | 20/8/20 | Functionalities | |||||||||||||||||||||||||||||
2 | Name | Description | Link | Main purpose | Development model | Main Language(s) + APIs | Last updated | Active development? (update < 1 year) | Input | Ranging | Reconstruction | Detector space | Dataset boundary identification | Binning | Isosurfacing | Proximity histogram | Spatial statistics | Clustering | Crystallography | Tessellations | Output | |||||||||||
3 | POS | EPOS | Synthetic | RRNG | RNG | How to | Which method | |||||||||||||||||||||||||
4 | 3Depict | Visualisation and analysis for reconstructed data | http://threedepict.sourceforge.net | Visualization, Analysis | Open Source | C++, WxWidgets | 31/7/20 | No | yes | yes | no | yes | yes | Comprehensive manual | NA | no | Convex hull | rectangular | yes | no | local density and concentration (with filtering), binomial distribution, axial and radial distributions | Stephenson 2007 | no | no | POS, VTK, PNG, RAW | |||||||
5 | APT Tools | Mixture of small utilities for atom probe data analysis, includes libatomprobe and posgen (see other entries) | http://apttools.sourceforge.net | Analysis | Open Source | C++, OpenMP | 22/6/20 | No | yes | yes | yes | yes | yes | |||||||||||||||||||
6 | APTO | Atom probe visualisation for .POS files | http://apto.sourceforge.net/ | Visualization | Open source | C++ | No | |||||||||||||||||||||||||
7 | Atomblend | Blender plugin to import APT data (pos, rng) | https://github.com/annacegu/atomblend | Visualization | Open Source | Python | 7/8/18 | No | ||||||||||||||||||||||||
8 | Atomprobelab | Mass-spectra analysis for complex multi-peak datasets, plus other misc tools | https://sourceforge.net/projects/atomprobelab/ | Mass-peak overlap solving | Open Source | Matlab | 04/08/20 | No | yes | yes | mass spectra | yes | no | Demo scripts and limited guides in a Wiki format | - | - | - | no | can solve overlaps if data is suplied | local peak overlap solving ("per-ion") | no | - | - | POS, plots, csv | ||||||||
9 | CASRA | 2D Fast continuum evaporation simulator | https://gitlab.com/fletchie/casra | Evaporation simulator | Open Source | Python, Cython | 16/8/19 | No | Examples and step-by-step guide in documentatiton | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2D images | ||||||||||||
10 | CASRA3D | 3D Fast continuum evaporation simulator | https://gitlab.com/fletchie/casra-3d/ | Evaporation & reconstruction simulator | Open Source | Python, Cython | 20/6/20 | No | ||||||||||||||||||||||||
11 | CVL | Web host/service for atom probe programs. Allows login for users to access various APT software, and for developers to host "live" versions of software | https://www.cvl.org.au/cvl-desktop/workbenches/atom-probe-workbench | Program sharing platform | Mixed | Mixed | 30/9/18 | No | crystal shell calc, tapsim/meshgen, levelset, posgen | XRNG, AtomProbeLab | 3daprecon | fourier transform 3D, RDF, SDM 1D, SDM 2D, POSminus, GM-SRO, composition calc, | nearest neighbour, core linkage, efficiency offset, 3D Markov, contingency table analysis, Voronoi clustering | misorientation, signal mapping, lattice rectification | ||||||||||||||||||
12 | IVAS | Reconstruction and Visualisation for CAMECA atom probes | atomprobe.com | Visualization, Analysis | Proprietary | Java | Yes | yes | yes | ROI simulator | yes | yes | Full documentation | Bas 1995 modified | yes | iso-density surface | rectangular | yes | yes | RDF, frequency distribution | maximum separation method, inc order parameter | pole identification >3.8.0 | no | POS, RRNG, EPOS, image/video, others? | ||||||||
13 | libatomprobe | Base library for writing atom probe programs | https://hg.sr.ht/~mycae/libatomprobe | Analysis | Open Source | C++/Python (wrap) | 16/2/21 | No | yes | yes | maybe? | yes | yes | Bas 1995 | ? | - | maximum separation method, inc order parameter | |||||||||||||||
14 | PARAPROBE | Parallelized tool for scalable processing of APT data | https://github.com/mkuehbach/PARAPROBE | Analysis | Open source | C++, MPI, OpenMP | 6/11/2019 | No | yes | yes | single-crystalline with precipitates | yes | no | accepts only externally generated file | Barr et al | no | customizable alpha shape | rectangular | no | ? | ion type specific, batch processable, two point statistics, kNN, RDF, RipleyK, counting | DBScan, maximum separation method, batch processing | Araullo-Peters 2015 | full volume Voronoi | HDF5/XDMF, VTK, ASCII CSV | |||||||
15 | POSAP | Reconstruction and visualisation for APT | N/A (Was Oxford Nanoscience, now ametek) | Visualization, Analysis | Proprietary | No | ||||||||||||||||||||||||||
16 | APT-Tools (Oscarbranson) | Python tools for importing, processing APT data. | https://github.com/oscarbranson/apt-tools | Analysis | Open source | Python | 11 Oct 2016 | No | ||||||||||||||||||||||||
17 | VSA | Data analysis for APT data | N/A | Proprietary | Java | no | ||||||||||||||||||||||||||
18 | GPM3D | Data analysis software for TAP/LAWATAP systems (Rouen) | N/A | Proprietary | Unknown | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||
19 | Scito | Reconstruction software for M-TAP systems | http://inspico.de/Software/Reconstruction/ | Proprietary | Unknown | 6/8/20 | No | |||||||||||||||||||||||||
20 | TAPSIM | Field evaporation simulation tool | http://www.uni-stuttgart.de/imw/mp/forschung/atom_probe_RD_center/software.en.html | Simulation | Open source | C++, PThreads | 1/2/14 | No | ||||||||||||||||||||||||
21 | APEX | Visualisation and analysis for reconstructed data | https://tomographic.wordpress.com/about/ | Visualization, Analysis | Mixed | Unknown | 25/2/19 | No | ||||||||||||||||||||||||
22 | EPOSA | Matlab GUI for APT processing | Jens Keutgen | Visualization, Analysis | Mixed | Matlab | Yes | no | yes | yes | no? | ? | - | - | - | rectangular | yes | yes | ? | no | no | no | peak overlap solved composition plots | |||||||||
23 | APyT | Collection of Python and Matlab scripts for correlative analyses of Max-Planck-Institut für Eisenforschung GmbH, Düsseldorf | Shyam Katnagallu, Isabell Mouton, Andrew Breen, Murat Han Celik | Visualization, Analysis | Open source | Python, Matlab | No | |||||||||||||||||||||||||
24 | Posgen | XML script based generation and analysis of POS files | http://apttools.sourceforge.net/ | Analysis | Open source | C++ | 30/6/20 | No | yes | no | yes | yes | yes | Comprehensive manual and example files | NA | NA | Convex hull | rectangular | no | no | no | Stephenson 2007 | no | no | POS | |||||||
25 | Atom Probe Code | Peter Felfer: Code for analysis of atom probe data | https://github.com/peterfelfer/atom-probe-code | Analysis | Open source | matlab | 20/7/20 | No | ||||||||||||||||||||||||
26 | RAPT | Atom Probe Tomography Analysis for R | https://github.com/aproudian2/rapt | Analysis | Open source | R | 12/7/19 | No | ||||||||||||||||||||||||
27 | OPTICS-APT | Implemetation of the OPTICS algorithm and associated visualisation tools | https://github.com/pnnl/apt/tree/master/OPTICS-APT | Visualization, Analysis | Open source | Python | 8/11/19 | No | yes | no | yes | Markdown descriptions | ||||||||||||||||||||
28 | RangerApp | Simple Range-file editor | http://apttools.sourceforge.net/ | Analysis | Open source | C++, QT | 16/1/21 | No | ||||||||||||||||||||||||
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