DESCRIPCIÓN

NGSpre es una herramienta bioinformática libre orientada a la web que unifica y facilita el uso de las herramientas de pre-procesamiento de lecturas de secuenciación de nueva generación generadas con la tecnología Illumina. En un entorno amigable con el usuario integra herramientas de pre-procesamiento para: análisis de calidad de las lecturas, clipping, trimming, normalization y conversión de formatos.

REQUERIMIENTOS

Para un correcto funcionamiento de NGSpre, se debe tener instalado y configuradas en el PATH las siguientes herramientas:

Python >= 2.6
Fastx toolkit. Disponible en: http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html
normalize-by-median.py (Diginorm) disponible en https://github.com/ctb/khmer

Adicionalmente para el funcionamiento de la interfaz web se requiere de:

PHP >=4.5
Mysql

INSTALACIÓN

Descarga

Descargar la última versión de NGSpre. Comando:

git clone https://github.com/BioinfUD/NGSpre.git

Figura 1. Descarga de NGSpre

Ubicación de los archivos

Copiar los archivos descargados al directorio del servidor web (en centOS por defecto /var/www/html/). Comando: cp NGSpre/ /var/www/html/

Configuración de las opciones del programa

Para un correcto funcionamiento, NGSpre requiere editar los siguientes archivos con las configuraciones locales.

daemon/settings.conf

Este archivo contiene las configuraciones del demonio encargado de correr los procesos en la máquina. Este archivo está compuesto de 4 líneas.

Nombre de usuario de la base de datos.
Contraseña de la base de datos.
Host donde está la base de datos.
Nombre de la base de datos.

Figura 2. Configuración del daemon de ejecución.

config.php

En este archivo están las configuraciones básicas de la interfaz web. A continuación se indica la descripción de cada parámetro.

DIR_SOFT: Ubicación donde estan los scripts que ejecuta el sistema (Archivos .py contenidos en la carpeta “Scripts”).
DIR_UPLOADS: Directorio donde se guardaran los datos subidos al sistema por los usuarios.
DIR_OUTPUTS: Directorio donde se almacenarán los archivos de salida.
MYSQL_HOST: Host donde está la base de datos.
MYSQL_USER: Usuario de la base de datos.
MYSQL_PASS: Contraseña de la base de datos.
MYSQL_DB: Nombre de la base de datos.

Figura 3. Configuración de interfaz web.

Creación del esquema de la base de datos

Para importar el esquema, se debe crear la base de datos con la cual funcionará NGSpre y a continuación importar “Schema.sql”, este archivo se encuentra en el directorio de NGSpre.

Figura 5. Creación de base de datos e importación de esquema.

Ejecución del demonio

Para el correcto funcionamiento de NGSpre se debe iniciar manualmente el demonio que está en el directorio daemon. Se debe ejecutar: python cmddmon.py

Figura 4. Ejecución del demonio.

DATOS DE PRUEBA

En la carpeta test_data se proveen unos archivos en formato FASTQ que corresponde a las lecturas left (_1) y right (_2) provenientes de secuenciación Illumina y unos archivos en formato BAM.