La mayor diversidad biológica presente en la RNP se encuentra en la zona marino costera, habiéndose registrado al año 2003 un total de 1543 especies. De estos registros, 317 corresponden a algas, 54 a plantas terrestres, 109 a anélidos, 194 a moluscos, 209 a artrópodos marinos, 129 a artrópodos terrestres, 101 a otro tipo de invertebrados, 168 a peces, 10 a reptiles, 216 a aves y 36 a mamíferos.(RNP, 2003)
VEGETACIÓN
Hay poca vegetación en la Reserva Nacional de Paracas principalmente por las características climatológicas de la zona, como escasa precipitación. Se caracterizan por ser de porte bajo y alta periodicidad, es decir que no todos los años hay vegetación.
En las orillas predominan especies halófitas de los géneros Distichlis spp., Sesuvium spp. y Cressa truxillensis, en tanto que en los ecosistemas de Lomas ubicados en Cerro Lechuza, Morro Quemado y San Gallán, predominan especies como Oxalis spp., Solanum ferreyrae y Tetragonia pedunculata, entre otras especies típicas de estas formaciones. (RNP, 2006)
Por otro lado, en la zona Santa Cruz, ubicada al noreste de la reserva, encontramos el bosque de sofaique Geoffroea decorticans así como palmeras introducidas. (RNP, 2003)
En el mar hay también una gran diversidad de flora representada por las algas. Entre las algas superiores macroscópicas tenemos las lechugas de mar, tales como la Ulva fasciata y la Ulva papenfussii. También encontramos las algas rojas denominadas yuyos, representadas por especies como la Gigartina chamissoi, G. glomerata y Porphyra columbina, entre otras; así como las algas pardas como Macrocystis pirífera y Macrocystis integrifolia. (RNP, 2006)
AVES
En cuanto a las aves podemos decir que en la RNP encontramos aves residentes y migratorias distribuidas en ambientes de orilla marina como en ambientes totalmente marinos. Entre las aves de orilla encontramos a los playeros como los del género Calidris spp,. chorlos Charadrius spp. y el flamenco Phoenicopterus chilensis, entre otros. Entre las aves marinas destacan las siguientes aves, las cuales se encuentran amenazadas: el piquero peruano Sula variegata, el guanay Phalacrocorax bougainvillii, el pelicano Pelecanus thagus, el zarcillo Lanosterna inca, pingüino de Humboldt Spheniscus humboldti y potoyunco peruano Pelecanoides garnotii, esta última se encuentra en peligro crítico.
MAMÍFEROS
Entre los principales mamíferos encontramos a los lobos de mar chusco Otaria byronia y fino Arcthocephalus australis, así como al gato marino Lutra felina. Las dos últimas especies se encuentran en peligro.
También se encuentran presentes al menos 20 especies de cetáceos entre ballenas y delfines, migratorios y residentes, como Delphinus delphis que se encuentra en el Apéndice I de CITES,y Tursiops truncates, Lagenorhyncgus obscurus y Phocoena spinipinnis que se encuentran en el Apéndice II.
Por último, también se encuentran mamíferos terrestres como el zorro costeños y el zorro colorado, que se encuentran el el Apéndice II de CITES.
HERPETOFAUNA
Entre los reptiles marinos amenazados que se encuentran dentro de la RNP y en áreas adyacentes, tenemos a la tortuga dorso de cuero, la tortuga verde, la tortuga pico de loro y la tortuga carey, todas ellas especies migratorias, categorizadas a nivel mundial como en peligro de extinción (UICN, 1996). Todas están incluidas dentro del Apéndice I de CITES y se encuentran bajo protección de la Convención Interamericana para la Protección y Conservación de Tortugas Marinas, suscrita por el Perú en setiembre de 1999; dos de ellas se encuentran, además, en el Apéndice I de la convención de Bonn.
Los reptiles terrestres presentes incluyen serpientes y lagartijas, entre las que destaca el gecko Phyllodactilus angustidigitus, especie que podría ser endémica de la RNP. (RNP, 2003)
RECURSOS HIDROBIOLÓGICOS
Por ser un área muy productiva, la bahía Independencia alberga también muchas especies comerciales como: almeja Gari solida, choro Aulacomya ater, caracol Thais chocolata, cangrejo (varias especies), chanque Concholepas concholepas, pulpo Octopus mimus, calamar Loligo gahi, erizo Loxechinus albus, mejillón Glycimeris ovata y palabritas Transenella sp. (RNP, 2003)
Los recursos de mayor extracción y por ello los que más aportan a la economía local son Trachurus picturatus (Jurel), Odontesthes regia (pejerrey), choro, almeja, caracol, y cangrejo (Cancer setosus). Merece una referencia especial el recurso Concha de Abanico el cual el año 2000 represento un valor económico de aproximadamente 24 millones de dólares (precio FOB de US$8.00 / kilo).
Durante el año 2003, los volúmenes de desembarque registrados en el ANP son de 8928.41 toneladas, distribuidos entre peces (62 especies), moluscos (21 especies), crustáceos (5 especies) y equinodermos (1 especie), siendo los recursos de mayor extracción la cabinza, bonito y el choro. La flota artesanal estuvo constituida por aproximadamente 233 embarcaciones, distribuidas entre los puntos de desembarque Lagunillas y Laguna grande (sector Muelle y sector Rancherio), con un promedio de desembarque de 71 embarcaciones por día, y con un promedio de 24 días trabajados por mes. Los principales artes de pesca fueron el buceo con compresora y la red cortina (Memoria Anual RNP, 2003)